Dẫn chứng cụ thể là Công ty TNHH điện tử DGS được ban quản lý Khu công nghệ cao TP cấp ưu đãi đầu tư theo các quy định tại thời điểm cấp giấy chứng nhận đầu tư. Tuy nhiên, Cục Thuế TP.HCM thanh tra về thuế đối với công ty từ năm 2007-2009 đã nêu rõ: “Công ty DGS không phải là doanh nghiệp mới thành lập từ dự án thực hiện trong Khu công nghệ cao, nên việc cấp ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong bốn năm đầu kể từ khi doanh nghiệp hoạt động có thu nhập chịu thuế, giảm 50% số thuế phải nộp cho chín năm tiếp theo (ghi trong giấy chứng nhận đầu tư) là không đúng quy định”. Đây là trường hợp cơ quan cấp phép ưu đãi đầu tư cho dự án nhưng khi quyết toán thuế thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi như đã được cấp phép.

UBND TP.HCM cũng đưa ra những phân tích cho thấy còn nhiều bất cập về tính thuế giá trị gia tăng đối với các doanh nghiệp đầu tư vào Khu công nghệ cao. Cụ thể, đối với các dự án đầu tư vào khu này, hàng hóa (máy móc thiết bị) để tạo tài sản cố định được miễn thuế nhập khẩu theo quy định của Bộ Tài chính. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải đóng thuế giá trị gia tăng hàng hóa nhập khẩu, chỉ miễn thuế giá trị gia tăng đối với các máy móc, thiết bị, vật tư nhập khẩu sử dụng trực tiếp cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ...

Với các dự án đầu tư vào Khu công nghệ cao, máy móc thiết bị nhập khẩu hầu hết có giá trị lớn, hàng chục nghìn USD, một số doanh nghiệp phải vay tiền ngân hàng để đóng thuế, sau đó lại phải làm thủ tục hoàn thuế. “Kinh tế khó khăn, việc đóng thuế giá trị gia tăng là một vấn đề không nhỏ đối với doanh nghiệp”, báo cáo nhấn mạnh.

Cũng qua rà soát, UBND TP đánh giá các quy định về ưu đãi đầu tư được bổ sung, điều chỉnh và thay thế liên tục, dẫn đến các ưu đãi về thuế suất, thời hạn hoạt động của dự án, điều kiện được hưởng ưu đãi... cũng thay đổi. Những thay đổi này làm nhà đầu tư khó dự báo, dự đoán về các ưu đãi mà Nhà nước VN sẽ áp dụng, gây khó khăn trong hoạch định chiến lược đầu tư dài hạn, đồng thời làm tăng rủi ro và giảm hấp dẫn của môi trường đầu tư tại VN.

Trong khi đó, nói về các ưu đãi ghi trong Luật đầu tư cũng như nghị định hướng dẫn, UBND TP.HCM cho rằng còn chung chung, khiến doanh nghiệp được hưởng ưu đãi trong nhiều trường hợp bị gặp khó khăn. Dẫn chứng, tại nghị định 108 (năm 2006) hướng dẫn Luật đầu tư ghi lĩnh vực xây dựng và phát triển kết cấu hạ tầng được hưởng ưu đãi, tuy nhiên không rõ công ty thực hiện xây dựng hay nhà đầu tư bỏ vốn xây dựng công trình được hưởng ưu đãi này. Tương tự, “sản xuất sản phẩm phần mềm, nội dung thông tin số”, theo nghị định vừa nêu, là lĩnh vực được đặc biệt ưu đãi, nhưng doanh nghiệp thực hiện “lập trình phần mềm” thì vẫn không rõ có được hưởng ưu đãi đầu tư hay không...

Bất cập hơn, các ưu đãi khi áp dụng thường đi kèm những điều kiện mà theo đánh giá của UBND TP là “đôi khi hết sức phức tạp và liên quan đến quy định của nhiều ngành luật khác nhau, dẫn đến khi quyết toán thuế thì doanh nghiệp, nhà đầu tư bị cơ quan thuế từ chối cho áp dụng ưu đãi do không đáp ứng được các điều kiện”. Theo kiến nghị của UBND TP, các chính sách ưu đãi đầu tư cần ổn định, nhất quán... Cần ưu tiên khuyến khích các ngành sản xuất công nghiệp theo hướng công nghệ cao, hiện đại.