Theo đó, công tác sử dụng đất của trường và việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước về đất đai của địa phương thời gian qua có một số tồn tại như: không có phương án sắp xếp sử dụng nhà đất theo quy định; giao cấp đất trái thẩm quyền, sai quy định; công tác quản lý không chặt chẽ (chưa có quy hoạch chi tiết, công tác quản lý địa chính bị buông lỏng…).

Đặc biệt, trường để xảy ra tình trạng lấn chiếm ở ba khu vực, trong đó có khu vực người dân sử dụng đất đã hình thành nên một khu phố, nhưng việc xử lý thiếu kiên quyết, không đồng bộ, từ đó dẫn đến tình trạng khiếu kiện kéo dài, không giải quyết dứt điểm được.

Đáng chú ý, trường cấp đất cho 25 trường hợp là cán bộ công nhân viên (CBCNV) không đúng quy định. Sau khi cấp, không quản lý để xảy ra tình trạng lấn chiếm, xây dựng không phép của các hộ và tách hộ. Trách nhiệm thuộc về hiệu trưởng trường và giám đốc ĐHQG TP.HCM qua các thời kỳ.

Hợp tác, liên doanh liên kết không đúng quy định (bến xe buýt, kiôt, xưởng pallet, khu kinh doanh cây xanh đô thị…).

Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GD-ĐT chỉ đạo trường các nội dung trong đó có việc xử lý các trường hợp liên doanh, liên kết (dãy kiôt, xưởng pallet, khu kinh doanh cây xanh, bến xe buýt) theo quy định.

Đồng thời kiến nghị hiệu trưởng Trường ĐH Nông lâm TP.HCM khẩn trương tiến hành các biện pháp khắc phục: phân loại xử lý nhà đất theo quy định; thu hồi, giải tỏa đối với khu đất cấp cho CBCNV theo quy định; thu hồi, giải tỏa đối với khu vực hành lang dọc đường ống nước thô Hóa An - Thủ Đức…