Theo đó, thông tư số 166 quy định người nộp thuế có hành vi khai man, trốn thuế nhưng nếu vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xử phạt theo mức phạt tiền đối với hành vi. Trong khi đó, với cùng hành vi khai man, trốn thuế này thì nghị định 129 của Chính phủ đã có quy định cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế.

Theo Cục Kiểm tra văn bản, việc thông tư 166 quy định việc xử phạt hành chính như trên là chưa đảm bảo sự chính xác và thống nhất với nghị định 129. Quy định này có thể khiến người thi hành công vụ không tránh khỏi việc hiểu và áp dụng khác nhau.

Ngoài ra, thông tư số 166 và 186 (hướng dẫn việc thực hiện xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý phí, lệ phí) của Bộ Tài chính đã quy định lặp lại, sao chép các hành vi vi phạm hành chính về thuế, hành vi vi phạm trong lĩnh vực quản lý phí, lệ phí đã được quy định trong hành loạt nghị định của Chính phủ. Việc này không phù hợp với các quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật. Cục Kiểm tra văn bản đã kiến nghị Bộ Tài chính tổ chức tự kiểm tra, xử lý nội dung chưa phù hợp tại các thông tư nêu trên và thông báo kết quả xử lý cho Cục Kiểm tra văn bản.