Bên cạnh đó UBND TP.HCM cũng đề nghị Bộ Giao thông vận tải xây dựng tuyến đường sắt nhẹ Thủ Thiêm (quận 2) đến cảng hàng không quốc tế Long Thành, xây hệ thống cảng cạn ICD theo qui hoạch dọc tuyến sông Đồng Nai để di dời các cảng nội địa trong địa bàn TP nhằm giúp giảm tải cho đường bộ.

UBND TP cũng đề nghị Bộ Giao thông vận tải cho phép sử dụng khu đất quốc phòng phía Tây cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất (khoảng 21 hecta) để đầu tư nâng cao năng lực khai thác sân đỗ tàu bay, đường lăn và nhà ga, nâng công suất hệ thống nhà ga hành khách cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất đạt 40-50 triệu khách/năm trong giai đoạn từ nay đến năm 2025.

TP cũng kiến nghị Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo đơn vị tư vấn nghiên cứu, báo cáo Bộ Giao thông vận tải bổ sung quy hoạch “Phát triển giao thông vận tải TP.HCM và vùng kinh tế trọng điểm phía Nam đến năm 2020 và tầm nhìn sau năm 2020".

Cụ thể, kéo dài đoạn nối từ nút giao thông trạm 2 (quận Thủ Đức) đến đường vành đai 3, vượt qua sông Đồng Nai tới thẳng đường vành đai 4. Bổ sung hướng kết nối từ đường tỉnh 768 và đường vành đai TP Biên Hòa đi phía Bắc sân bay Biên Hòa, vượt qua sông Đồng Nai tới đường vành đai 3 (phường Bình Chuẩn, tỉnh Bình Dương), nhằm phân luồng xe đi từ phía Đông về phía Nam không phải đi vào khu vực TP.HCM.