Theo đó, có 2 phương thức kiểm tra là kiểm tra thông thường và kiểm tra chặt.

Đối với phương thức kiểm tra thông thường, tại nơi cửa khẩu hoặc nơi tập kết, các đơn vị thuộc Cục Bảo vệ thực vật thực hiện kiểm tra hồ sơ, ngoại quan và lấy mẫu kiểm nghiệm với tần suất đến 10% đối với lô hàng nhập khẩu tùy theo mức độ rủi ro của hàng hóa.

Trường hợp này, tổ chức cá nhân được phép làm thủ tục thông quan sau khi được cơ quan kiểm tra hồ sơ, ngoại quan đạt yêu cầu và cấp giấy chứng nhận kiểm tra an toàn thực phẩm theo quy định.

Trong thời gian 6 tháng kiểm tra, nếu phát hiện hàng hóa cùng chủng loại, cùng nước xuất xứ vi phạm quy định an toàn thực phẩm từ 3 lần trở lên sẽ áp dụng phương thức kiểm tra chặt đối với chủng loại hàng hóa đó khi nhập khẩu từ nước xuất khẩu có hàng hóa vi phạm.

Đối với phương thức kiểm tra chặt, tại cửa khẩu hoặc nơi tập kết, lô hàng nhập khẩu được kiểm tra hồ sơ, kiểm tra ngoại quan, lấy mẫu kiểm nghiệm hàng hóa bị áp dụng phương thức kiểm tra chặt theo tần suất đến 30%.

Trường hợp lô hàng nhập khẩu đang bị áp dụng phương thức kiểm tra chặt nhưng không phải lấy mẫu kiểm nghiệm, tổ chức cá nhân được phép làm thủ tục thông quan sau khi được cơ quan kiểm tra thực hiện kiểm tra hồ sơ, ngoại quan đạt yêu cầu.

Trường hợp có cảnh báo quốc tế về nguy cơ nghiêm trọng gây mất an toàn thực phẩm, phương thức quản lý hàng hóa nhập khẩu cụ thể sẽ được thực hiện trên cơ sở các biện pháp quốc tế đang áp dụng đối với chủng loại hàng hóa bị cảnh báo.

Về biện pháp xử lý vi phạm quy định về an toàn thực phẩm, Thông tư nêu rõ, buộc tái xuất hoặc tiêu hủy đối với lô hàng vi phạm nghiêm trọng quy định về an toàn thực phẩm; chuyển mục đích sử dụng đối với lô hàng bị phát hiện vi phạm quy định về an toàn thực phẩm nhưng có thể sử dụng vào mục đích khác và không có nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe con người; thông báo cho cơ quan thẩm quyền về an toàn thực phẩm của nước xuất khẩu đề nghị phối hợp điều tra nguyên nhân, đưa ra các biện pháp khắc phục phù hợp.

Bên cạnh đó, thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng các trường hợp vi phạm nghiêm trọng quy định về an toàn thực phẩm phải thực hiện truy xuất, thu hồi và hướng dẫn người tiêu dùng các biện pháp phòng ngừa.