Chị Thụy, kế toán một công ty chuyên về đào tạo tài chính kế toán thuế, cho biết phần mềm mới không kê khai được các hóa đơn bị hủy của tháng 12-2013, ngoài ra cũng không thể nhập số lỗ năm trước. Anh Nam, giám đốc một công ty tư vấn thuế, cũng gặp hàng loạt trục trặc khi kê khai trên phần mềm mới. Theo anh Nam, dù Tổng cục Thuế có phụ lục hướng dẫn sử dụng phần mềm kê khai mới nhưng dài đến hơn 180 trang, khá rắc rối nên không phải DN nào cũng làm được. “Tôi đã hỏi một số chi cục thuế cách khắc phục nhưng do phần mềm này mới được áp dụng từ cuối tháng 1 nên nhiều chi cục thuế chưa kịp cập nhật. Nếu Tổng cục Thuế không kịp thời khắc phục thì tới đây DN sẽ càng khổ hơn vì sắp phải quyết toán thuế thu nhập cá nhân và thu nhập DN vào cuối tháng 3” - anh Nam nói.

Trao đổi với Tuổi Trẻ, một đại diện Cục Thuế TP.HCM cũng xác nhận tình trạng nhiều DN phản ứng khi Tổng cục Thuế áp dụng phần mềm kê khai mới. Ông này cho biết đã ghi nhận phản ảnh của DN và báo cáo Tổng cục Thuế để nơi này sớm có biện pháp khắc phục.