Cụ thể, trả lời về việc hoàn thuế cho hai đơn vị là Công ty TNHH Trích ly dầu thực vật và Công ty TNHH MTV thực phẩm và đầu tư Fococev, Tổng cục Hải quan cho rằng hai doanh nghiệp này chưa được hoàn thuế là do cách hiểu chưa thống nhất giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế đối với việc xác định đối tượng phải áp dụng biện pháp quản lý thuế và quản lý hải quan của Bộ Tài chính. Cơ quan hải quan xác định doanh nghiệp không thuộc đối tượng có rủi ro cao về thuế, hải quan.

Do vậy, khi làm thủ tục hải quan, hải quan không thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa, không yêu cầu doanh nghiệp khai báo thông tin như phương tiện vận tải, tên, chứng minh nhân dân người điều khiển phương tiện vận tải...

Trong khi đó, cơ quan thuế lại yêu cầu doanh nghiệp phải cung cấp các thông tin liên quan đến lô hàng xuất khẩu khi thực hiện xét hoàn thuế GTGT.

Do vậy, để hoàn thuế, tránh bức xúc cho DN khi vướng mắc phát sinh không phải do DN, Tổng cục Hải quan thống nhất với Tổng cục Thuế trong việc trình Bộ Tài chính xử lý theo nguyên tắc cơ quan hải quan xác nhận về việc hàng hóa đã xuất khẩu, đã qua khu vực giám sát hải quan; cơ quan thuế phải hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế. Đây là nguyên tắc chung áp dụng cho mọi trường hợp hoàn thuế cho hàng xuất khẩu chứ không chỉ đối với hai doanh nghiệp nêu trên.