Dù đã có nhiều chỉnh sửa so với những lần góp ý trước, nhưng phần lớn ý kiến của các chuyên gia vẫn cho rằng ban soạn thảo phải làm rõ thêm một số nội dung quan trọng. Trong đó, các đại biểu tập trung kiến nghị cần làm rõ hơn việc phân tầng đại học. Trên cơ sở phân tầng này, Nhà nước sẽ có chính sách đầu tư có trọng điểm và hiệu quả chứ không thể đầu tư dàn hàng ngang cùng tiến như hiện nay.

Đối với vấn đề trường tư thục, một số ý kiến cho rằng ban soạn thảo nên cân nhắc hai phương án: cơ sở đại học tư thục dành tối thiểu 20% doanh thu hoặc dành 20% lợi nhuận để tái đầu tư xây dựng cơ sở vật chất.