Đã có những rào cản ngăn chặn việc hai nước thiết lập quan hệ chính thức. Đối với Tokyo, đó là các vụ bắt cóc công dân Nhật trong quá khứ, các vụ bắn tên lửa qua lãnh thổ Nhật và các cuộc thử hạt nhân ngầm dưới lòng đất. Phía CHDCND Triều Tiên chỉ trích quan hệ đồng minh quân sự của Nhật với Mỹ và quá khứ chiến tranh hồi nửa đầu thế kỷ 20.

AFP dẫn lời giáo sư Toshimitsu Shigemura thuộc ĐH Waseda nhận định hai bên sẽ khó có đột phá bởi Tokyo muốn thảo luận về các cuộc bắt cóc, còn Bình Nhưỡng lại không sẵn sàng. “Nếu Bình Nhưỡng từ chối yêu cầu của Tokyo thì cuộc đàm phán sẽ bế tắc - ông Shigemura giải thích - Bình Nhưỡng muốn tập trung vào các vấn đề như viện trợ, còn Tokyo ưu tiên vấn đề bắt cóc”. Năm 2002, CHDCND Triều Tiên thừa nhận đã bắt cóc nhiều người Nhật trong thập niên 1970 và 1980.

Theo các nhà ngoại giao Nhật, nếu đàm phán tiến triển tốt, Tokyo sẵn sàng tăng cường viện trợ cho Bình Nhưỡng. Chuyên gia Cheong Seong Chang thuộc Viện Sejong (Hàn Quốc) nhận định nếu Nhật kiên nhẫn, quan hệ hai nước sẽ cải thiện bởi Bình Nhưỡng đang cần viện trợ tài chính hơn bao giờ hết. Hơn nữa, mối quan hệ đang xấu đi giữa Nhật và Hàn Quốc do tranh chấp quần đảo Dokdo/Takeshima có thể có lợi cho đàm phán Triều Tiên - Nhật.