Theo đồ án được duyệt, UBND TP chấp thuận chủ trương xây dựng bãi xe ngầm tại trục đường Nguyễn Thị Minh Khai và đường Nguyễn Bỉnh Khiêm ở lối tiếp cận tại trục đường Nguyễn Thị Minh Khai, phía dưới các khu vực: nhà hàng, khu vui chơi thiếu nhi, chuồng chim cánh cụt và chuồng thú Châu Phi.

Bãi xe ngầm phục vụ cho xe máy và xe hơi của khách với diện tích 1ha (quy mô phục vụ khoảng 3.000 xe máy và 100 xe hơi). Phần hầm ngầm phía dưới các khu chuồng thú có giải pháp thi công đồng bộ, chống tiếng ồn để tránh làm ảnh hưởng đến các loại thú phía trên.

Cũng theo đồ án được duyệt, toàn bộ cây lớn hiện trạng trong Thảo cầm viên được giữ lại, ngoài ra sẽ trồng mới hệ thống cây theo những khu vực mới.

Cụ thể như trồng thêm hệ thống cây bụi (tre, trúc) dọc theo các vị trí các trục đường hoặc các vị trí tiếp giáp giữa các khu chuồng thú với các khu vực phát sinh tiếng ồn (bãi xe, khu vui chơi thiếu nhi, sân khấu, nhà hàng, khu dã ngoại…) nhằm giảm thiểu tối đa tiếng ồn làm ảnh hưởng đến môi trường sống của các loài thú.

Khu vực Chuồng trại nuôi thú có quy mô hơn 1,5 ha, được phân loại theo môi trường sống và lớp động vật bao gồm: Khu gấu (gấu đen châu phi, gấu mặt trời); Khu thú họ mèo (cọp trắng, cọp Đông dương); Khu voi ( voi, bò, trâu); Khu thú Châu Phi (hươu cao cổ, đà điểu, ngựa vằn, dê rừng, tê giác, hà mã, hắc tinh tinh, chó hoang Châu Phi, sư tử, chim cánh cụt Châu Phi…); Khu thú ban đêm (Mèo vàng, Mèo rừng, Báo gấm, Cầy hương, Cầy Ấn Độ, Tê tê …); Khu thú móng guốc (nai, hươu sao, hươu sừng tấm, linh dương đầu bò…).

Đặc biệt, trong Thảo Cầm Viên sẽ có “Khu vườn thú thiếu nhi” bao gồm một chuỗi các loài thú thân thiện tạo sự gần gũi và dễ tiếp xúc cho trẻ em như: heo, gà, dê, ngựa, trâu nước…. Ngoài ra còn có các khu vực nhà kiếng, vườn thực vật, trang trại Việt Nam, đồng lúa … kết hợp với khu nhà bảo tàng động thực vật được cải tạo từ khu nhà hành chính hiện trạng.

Khu hội nghị giáo dục sẽ được cải tạo từ khu vực trưng bày cũ nhằm phục vụ cho các hoạt động giáo dục, hội nghị liên quan đến hệ thống động thực vật của Thảo Cầm Viên Sài Gòn.