Cụ thể, với gói thầu thí điểm năm 2013 trị giá trúng thầu hơn 24,7 tỉ đồng, bệnh viện không thực hiện đăng tải kế hoạch cũng như kết quả lựa chọn nhà thầu trên báo theo qui định; nội dung hồ sơ mời thầu không chính xác, vi phạm về lập hồ sơ mời thầu.

Tên nhà thầu mua hồ sơ mời thầu và tên nhà thầu nộp hồ sơ dự thầu trên danh sách của bệnh viện cũng không đúng với tên hồ sơ dự thầu nộp thực tế; vi phạm về tổ chức đấu thầu.

Trong quá trình đánh giá hồ sơ dự thầu đã có vi phạm về các hành vi cấm trong đấu thầu (một người vừa đánh giá hồ sơ thầu vừa thẩm định kết quả lựa chọn).

Với gói thầu bệnh viện năm 2013 cũng có sai phạm về hành vi cấm trong đấu thầu là nêu yêu cầu  về nhãn hiệu, xuất xứ hàng hoá cụ thể trong hồ sơ mời thầu...

Riêng gói thầu bệnh viện năm 2014-2015 có tổng giá trị gần 36,9 tỉ đồng cũng có những sai phạm tương tự như các gói thầu trên và còn vi phạm về nguyên tắc đánh giá hồ sơ dự thầu.

Từ đó dẫn đến hồ sơ dự thầu của Công ty TNHH Đông dược Hoà Phú về cơ bản không đáp ứng các yêu cầu về kĩ thuật của dược liệu nhưng vẫn trúng thầu....

Kết luận thanh tra khẳng định các sai phạm nói trên thuộc về giám đốc bệnh viện và các thành viên tham gia đấu thầu.

Sở Y tế TP yêu cầu bệnh viện tổ chức kiểm điểm và xử lý nghiêm trách nhiệm các tổ chức, cá nhân có sai phạm; nghiêm túc chấp hành các qui định của Luật Đấu thầu; chấn chỉnh viẹc ghi chép biên bản họp, sổ họp hội đồng thuốc và điều trị...

Đặc biệt, Sở Y tế TP còn kiến nghị chuyển hồ sơ của Công ty TNHH Đông dược Hoà Phú sang Công an TP do có dấu hiệu sử dụng giấy tờ giả trong kê khai doanh thu để tham gia đấu thầu tại Bệnh viện Y học cổ truyền TP để tiếp tục điều tra làm rõ.