Theo phân tích của UBND TP, quy định hiện hành ràng buộc với các đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thì hàng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế... phải trích tối thiểu 25% (của phần chênh lệch thu lớn hơn chi) để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, số còn lại mới chi tăng thu nhập cho người lao động. Tuy nhiên, phần chênh lệch thu lớn hơn chi tại một số đơn vị chỉ ở mức 1 đến 1,5 lần thì sau khi trích 25%, kinh phí còn lại để chi tăng thu nhập cho người lao động sẽ còn ít.

Theo thống kê, hiện TP có 1.360 đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động trong tổng số 1.765 đơn vị đã giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính. Số đơn vị được giao quyền này ở TP đạt 99,2% số đơn vị sự nghiệp công lập.