Ông Yuichi Nishimura đã gây ra cuộc tranh cãi khi cho đội Brazil được hưởng quả phạt đền ở phút 71. Neymar đã nâng tỉ số lên 2-1 từ chấm 11m, sau đó Brazil giành thắng lợi chung cuộc 3-1. 

Rất nhiều nhà chuyên môn, các cư dân mạng cho rằng, đó là quả phạt đền "tưởng tượng" và ông Yuichi Nishimura đã thiên vị cho đội chủ nhà Brazil. 

Tuy nhiên, tại cuộc họp báo ở Tokyo hôm 25-7, trọng tài 42 tuổi người Nhật cho rằng, ông đã điều hành tốt trận Brazil - Croatia. Hãng tin AFP trích lời ông: "Trước trận đấu, tôi đã chuẩn bị mình sẽ gánh chịu sự chỉ trích. Đó là một phần của công việc trọng tài". 

Giải thích vì sao ông cho đội Brazil được hưởng quả 11m trong tình huống tiền đạo Fred ăn vạ, trọng tài Nishimura nói: "Nếu bạn nhìn vào tình huống xảy ra, bạn sẽ thấy tiền đạo (Fred) chuẩn bị sút khi trên đà di chuyển. Hậu vệ đội Croatia đã đẩy tay vào Fred. Đó là lỗi. Một số lời chỉ trích thì hết sức gay gắt. Nhưng một số ý kiến khác thì có ý xây dựng. Nghề trọng tài thật khó khăn". 

Sau trận đấu, HLV và cầu thủ đội Croatia đã chỉ trích ông Nishimura gay gắt. Thậm chí, cầu thủ Croatia còn "tố" ông không nói tiếng Anh, mà chỉ nói tiếng Nhật với họ trên sân bóng. Đề cập đến chuyện này, ông Nishimura cho biết: "Cầu thủ đội Croatia nói không đúng vì trên sân bóng tôi nói tiếng Anh. Những cầu thủ tôi nói chuyện đều hiểu tôi muốn nói gì. Tôi điều hành trận đấu theo cách mà tôi luôn làm". 

Ông Nishimura cũng bác bỏ chuyện ông đã có cuộc đối đầu với CĐV Croatia tại sân bay sau trận Brazil thắng Croatia 3-1. Ông nói, chỉ có một sự cố nhỏ. "Tôi đã được các nhân viên an ninh bảo vệ" - trọng tài Nishimura nói.