Ngày 22-11-2013, UBND TP Cần Thơ có văn bản chấp thuận việc Công ty CP đầu tư quốc lộ 91 CầnThơ - An Giang đặt trạm T1 tại Km16+905 thuộc dự án cải tạo, nâng cấp quốc lộ 91 đoạn từ Km14+000 đến Km50+889.

Ngày 9-1-2014, Bộ GTVT ban hành quyết định chấp thuận cho Công ty CP đầu tư quốc lộ 91 CầnThơ - An Giang tiến hành đầu tư xây dựng dự án cải tạo, nâng cấp quốc lộ 91 đoạn tư từ Km14+000 đến Km50+889.

Sau khi được HĐND, UBND, đoàn đại biểu Quốc hội TP Cần Thơ thống nhất, ngày 24-11-2014, Bộ GTVT có công văn trình Thủ tướng Chính phủ xem xét chấp thuận cho đầu tư, cải tạo quốc lộ 91B ghép vào dự án quốc lộ 91.

Ngày 6-12-2015 Thủ tướng Chính phủ có văn bản chấp thuận cho ghép dự án quốc lộ 91B vào quốc lộ 91.

Sau khi dự án quốc lộ 91 hoàn thành đưa vào thu phí trạm T1 tháng 3-2016, đến cuối năm 2016 trạm T2 cũng được đưa vào vận hành thu phí hoàn vốn.

Từ đây đã gây ra những phản ứng khá kịch liệt từ Hiệp hội vận tải ô tô tỉnh An Giang, Kiên Giang cũng như nhiều doanh nghiệp có phương tiện di chuyển từ An Giang sang Kiên Giang và ngược lại.

Nhiều ý kiến cho rằng họ không sử dụng quốc lộ 91B (nằm gần nội ô TP CầnThơ) và chỉ sử dụng khoảng 200m đường ở dự án quốc lộ 91 nhưng phải trả phí cho toàn dự án là bất hợp lý.

Ngày 5-5-2017, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Nhật có văn bản thừa nhận vị trí đặt trạm thu phí BOT còn nhiều bất cập, không công bằng với tất cả mọi đối tượng. Qua đó yêu cầu các chủ đầu tư BOT rà soát miễn giảm phí cho phù hợp.

Chủ đầu tư BOT quốc lộ 91 và quốc lộ 91B đã phối hợp Tổng cục đường bộ VN ban hành quyết định (ngày 17-8-2017) miễn 100% phí qua trạm T1 và T2 cho 284 phương tiện của các doanh nghiệp, người dân sống gần khu vực trạm thu phí (3 tỉnh An Giang, Kiên Giang và Cần Thơ).

Tuy nhiên, hiện Sở GTVT tỉnh Kiên Giang và một số doanh nghiệp ở các tỉnh khác khi di chuyển qua trạm T2 (từ An Giang qua Kiên Giang và ngược lại) vẫn chưa hài lòng do sử dụng khoảng 200m đường nhưng phải trả phí cho toàn dự án quốc lộ 91 và quốc lộ 91B.