Theo đó, Đoàn thanh tra do ông Vũ Ngọc Dũng, Phó chánh Thanh tra Bộ Giao thông vận tải, làm Trưởng đoàn. Đoàn sẽ thanh tra việc thực hiện pháp luật trong công tác quản lý của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông thuộc Bộ Giao thông vận tải  đối với “các Dự án nạo vét duy tu luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm do Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại Việt Sơn, Công ty Cổ phần Đầu tư Việt và Sơn, Công ty Cổ phần trục vớt luồng hạ lưu thực hiện”.

Quyết định cũng giao Chánh Thanh tra Bộ Giao thông vận tải phê duyệt Kế hoạch tiến hành thanh tra, chỉ đạo, giám sát hoạt động Đoàn Thanh tra, quyết định bổ sung, thay thế thành viên Đoàn thanh tra, xử lý hoặc kiến nghị xử lý vi phạm theo quy định.

Trong số các doanh nghiệp thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy được thanh tra, đáng chú ý có Công ty Cổ phần trục vớt luồng hạ lưu là Nhà đầu tư  dự án nạo vét trên tuyến đường thủy nội địa quốc gia sông Cầu các đoạn cạn Km1  đến Km30+000. Dự án trên đã bị UBND tỉnh Bắc Ninh đề nghị Bộ Giao thông vận tải dừng thực hiện vì cho rằng gây sạt lở bờ sông Cầu phía Bắc Ninh.

Trong văn bản kêu cứu  đến Thủ tướng, UBND tỉnh Bắc Ninh cũng cho rằng quá trình triển khai dự án có việc  lợi dụng thực hiện dự án để khai thác cát trái phép; một cán bộ sở ngành và Chủ tịch UBND  tỉnh Bắc Ninh bị nhắn tin đe dọa khi đề nghị dừng thực hiện dự án…

Mới đây, cơ quan công an đã  khởi tố hai nghi phạm để điều tra về hành vi đe dọa Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh về tội khủng bố và tội không tố giác tội phạm.

Còn công ty Cổ phần đầu tư và thương mại Việt Sơn, có dự án nạo vét luồng thuộc diện thanh tra lần này là Nhà đầu tư từng thực hiện 4 dự án nạo vét gồm: Dự án nạo vét trên sông Hồng (Km387+200 đến Km 390+200; Km 418 đến Km 472; Km 441 đến Km 441+500; Km 465 đến Km 466); Dự án nạo vét trên sông Hồng (Km 258 đến Km 262; Km 262 đến Km 351; Km 468 đến Km 356); Dự án nạo vét trên sông Kinh Thầy (Km 13 đến km 21+500); Dự án nạo vét trên sông Thái Bình, tỉnh Bắc Ninh + Hải Dương (km 93+500 đến Km 96; Km 96+500 đến Km 97+500).

Riêng Công ty Cổ phần đầu tư Việt và Sơn từng thực hiện dự án nạo vét, duy tu, nâng cấp, mở rộng bán kính cong tuyến luồng đường thủy nội địa sông Cầu (Km 69+925 đến Km 84+810.