Thông tư quy định rõ điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm đối với cơ sở trồng trọt nhỏ lẻ như: địa điểm sản xuất không nằm trong vùng bị cảnh báo ô nhiễm; nguồn nước tưới không ảnh hưởng đến an toàn sản phẩm; không sử dụng nước bị ô nhiễm, nước thải để rửa, sơ chế sản phẩm; sử dụng thuốc bảo vệ thực vật phải tuân thủ theo nguyên tắc 4 đúng: đúng thuốc, đúng liều lượng và nồng độ, đúng lúc, đúng cách; tuân thủ thời gian ngừng sử dụng thuốc theo hướng dẫn của nhà sản xuất thuốc.

Đối với cơ sở chăn nuôi nhỏ lẻ, thức ăn và nước uống dùng trong chăn nuôi phải đảm bảo không gây độc hại cho vật nuôi và người sử dụng sản phẩm động vật.

Thuốc thú y, hóa chất, chế phẩm sinh học dùng trong chăn nuôi phải theo hướng dẫn sử dụng ghi trên bao bì hoặc hướng dẫn của cán bộ chăn nuôi thú y.

Đối với cơ sở nuôi trồng thủy sản nhỏ lẻ, phải bảo đảm các điều kiện về địa điểm, nguồn nước, sử dụng giống thủy sản khỏe mạnh, có nguồn gốc rõ ràng.

Đặc biệt không sử dụng chất thải của động vật và con người để nuôi thủy sản. Nước ao nuôi phải được xử lý trước khi thải ra môi trường xung quanh nếu thủy sản bị bệnh trong quá trình nuôi.

Đối với cơ sở thu hái, đánh bắt, khai thác nông lâm thủy sản nhỏ lẻ, sản phẩm thu hái, đánh bắt, khai thác phải được bảo quản phù hợp với tính chất của từng loại sản phẩm: tươi, sống, sơ chế, đông lạnh, sản phẩm khô.

Trường hợp có sử dụng phụ gia, hóa chất trong bảo quản, xử lý sản phẩm phải theo đúng hướng dẫn loại dùng cho thực phẩm, có bao bì, nhãn mác, nguồn gốc xuất xứ rõ ràng.

Phương thức quản lý điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất ban đầu nhỏ lẻ được thực hiện thông qua việc tổ chức cam kết, kiểm tra và xử lý các cơ sở vi phạm cam kết. Thời hạn ký cam kết 3 năm/lần.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ 10-2-2015.