Theo quyết định thành lập, trung tâm có nhiệm vụ tham mưu cho sở về việc mua sắm, cung ứng và điều phối hàng hóa (gồm thuốc, hóa chất, vật tư y tế), trang thiết bị chuyên dụng phục vụ phòng bệnh, khám chữa bệnh của các đơn vị y tế công lập; quản lý, cung ứng và điều phối hàng hóa, trang thiết bị y tế chuyên dụng theo kế hoạch hoặc theo yêu cầu đột xuất; phối hợp với Bảo hiểm xã hội TP, các đơn vị trực thuộc xây dựng danh mục thuốc thống nhất dùng trong các đơn vị y tế...

Như Tuổi Trẻ từng phản ánh, nhiều năm qua tại TP.HCM có tình trạng dù tổ chức đấu thầu nhưng giá của nhiều loại thuốc, vật tư tiêu hao... ở các bệnh viện vẫn còn mỗi nơi một giá. Dự kiến khi trung tâm mua sắm hàng hóa và tài sản công đi vào hoạt động thì tình trạng này sẽ được khắc phục vì tất cả loại hàng hóa nói trên đều do trung tâm tổ chức đấu thầu tập trung và giá cả sẽ thống nhất ở tất cả bệnh viện, đơn vị thuộc Sở Y tế TP.