Đồng thời Phó thủ tướng cũng yêu cầu Bộ GTVT, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, UBND TP Hà Nội chỉ đạo cơ quan, đơn vị liên quan rút kinh nghiệm trong việc chậm xử lý hồ sơ liên quan đến cấp phép xây dựng công trình trên, bao gồm cả công tác chuẩn bị hồ sơ dự án, phối hợp trong xử lý thủ tục thỏa thuận, cấp phép xây dựng công trình...

Trước đó, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam (VIWA) đã thi công cụm công trình kè bãi giữa Nhật Tân và kè bờ Tầm Xá thuộc 14km sông Hồng, TP Hà Nội với mục tiêu chỉnh trị, ổn định luồng tàu và chống sạt lở bờ sông Hồng theo phương án thiết kế công trình đã được Công ty tư vấn Egis-Bceo (Pháp) nghiên cứu. Kinh phí đầu tư các công trình trên là 25 triệu USD. Đây là một hạng mục thuộc dự án phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc bộ có tổng mức đầu tư 201,5 triệu USD.

Tuy nhiên, việc thi công các hạng mục trên được thực hiện khi chưa được Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, UBND TP Hà Nội chấp thuận, cấp phép. Phía VIWA giải thích đây là công trình đặc thù phải xây ngay trong mùa cạn nhưng chờ đợi thỏa thuận hồ sơ từ Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, cấp phép từ TP Hà Nội lâu nên đã thi công trước một số hạng mục trước mùa lũ.

Sau khi dư luận lên tiếng về việc này, bộ trưởng Bộ GTVT đã có văn bản yêu cầu VIWA nghiêm túc kiểm điểm trách nhiệm vì thi công khi chưa có giấy phép. Đến ngày 2-8-2013, UBND TP Hà Nội cũng đã có quyết định cấp phép thi công các công trình trên.