Thanh tra xác định vào năm 2007, tổng công ty xây dựng phương án phát hành trái phiếu doanh nghiệp với số lượng 1.000 tỉ đồng, kỳ hạn trái phiếu năm năm, lãi suất 9,6%/ năm, để lấy vốn đầu tư vào các dự án. Tuy nhiên, sau khi phát hành trái phiếu, tổng công ty sử dụng số tiền sai mục đích như gửi ngân hàng có kỳ hạn với số tiền tính đến 31-12-2010 hơn 660 tỉ đồng. Trong đầu tư dài hạn vào lĩnh vực ngân hàng, tổng công ty đầu tư vượt số lượng quy định, phải điều chỉnh và thu hồi vốn đầu tư tại năm đơn vị, nhưng đến nay chưa thực hiện được.

Thanh tra Bộ Tài chính cũng xác định việc tổng công ty mua cổ phần của Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank - VCB) theo hợp đồng ủy thác với Công ty CP quản lý quỹ đầu tư Thành Việt còn sơ hở, thiếu chặt chẽ. Điều này dẫn đến việc Công ty Thành Việt chưa chuyển giao cho tổng công ty số cổ phiếu trị giá hơn 22 tỉ đồng, phải khởi kiện ra TAND Q.3 để đòi nợ, nhưng vẫn chưa xử lý xong.

Theo thanh tra Bộ Tài chính, tổng công ty đầu tư vào các lĩnh vực thuộc ngành nghề kinh doanh chính của đơn vị thấp hơn quy định và sử dụng vốn đầu tư ra ngoài doanh nghiệp nhà nước vượt quá vốn điều lệ. Từ năm 2008 đến ngày 31-3-2011, tổng công ty đầu tư vào các lĩnh vực khác từ 56,89-68,77% tổng vốn đầu tư, gồm: đầu tư ngắn hạn (cho vay vốn); đầu tư vào lĩnh vực ngân hàng, bảo hiểm, chứng khoán, quỹ đầu tư, gửi ngân hàng có kỳ hạn, hỗ trợ vốn cho các đơn vị thành viên. Vốn đầu tư vào lĩnh vực chính còn lại từ 31,23-43,11%, thấp hơn nhiều lần so với mức tối thiểu quy định.

Ngoài ra, thanh tra cũng làm rõ việc tổng công ty được giao tham gia chương trình bình ổn thị trường trên địa bàn TP.HCM với mặt hàng gạo trắng thường, số lượng 1.700 tấn/tháng, số tiền được vay không lãi là 11,390 tỉ đồng nhưng chỉ thực hiện được 5,93% kế hoạch.

Thanh tra Bộ Tài chính kiến nghị chủ tịch hội đồng quản trị, tổng giám đốc Tổng công ty Thương mại Sài Gòn rút kinh nghiệm việc sử dụng vốn trái phiếu không đúng mục đích và có biện pháp xử lý đối với các sai phạm.