Theo đó, Phó thủ tướng đồng ý với kết luận của Thanh tra Chính phủ, yêu cầu các đơn vị liên quan thực hiện nghiêm túc kết luận và báo cáo Thủ tướng kết quả thực hiện trong quý 1-2013.

Dự án này được Công ty cổ phần Phát triển đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu (BVEC) làm chủ đầu tư, thực hiện theo hình thức xây dựng - kinh doanh - chuyển giao (BOT) với tổng mức đầu tư hơn 3.313 tỉ đồng. Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, dự kiến dự án được thực hiện trong ba năm tính từ ngày 2-8-2009, nhưng đến thời điểm thanh tra không hoàn thành tiến độ.

Quá trình thanh tra xác định việc ký kết hợp đồng BOT và quyết định nhiều nội dung đầu tư chưa chính xác, chưa khả thi, như việc ký hợp đồng bảo hiểm công trình chỉ bằng 72% giá trị xây lắp, không bảo hiểm tổn thất hay thiệt hại do lỗi thiết kế.

Toàn tuyến dự án có chiều dài 72,7km với 12 cầu vượt bộ hành (tổng vốn gần 50 tỉ đồng), nhưng đến thời điểm thanh tra chưa có cầu vượt nào được thi công. Nhiều vị trí được tính toán, thỏa thuận để xây cầu chưa phù hợp với sự phát triển của các khu dân cư hoặc có dân cư sinh sống.

Tại một số gói thầu xây lắp chính, Thanh tra Chính phủ xác định có gói thầu khởi công, thi công nhưng không có hợp đồng kinh tế, thiết kế bản vẽ chưa được phê duyệt. Thanh tra Chính phủ phát hiện có một số gói thầu mà hồ sơ đề xuất là liên doanh nhưng sau khi chỉ định thầu, chủ đầu tư lại ký hợp đồng với một thành viên trong liên doanh...

Về công tác giải phóng mặt bằng, tính đến ngày 20-6-2012, hai tỉnh có dự án đi qua quốc lộ 51 gồm Đồng Nai và Bà Rịa - Vũng Tàu mới thực hiện thu hồi được 44,5% trên tổng số diện tích cần thu hồi, quá chậm so với yêu cầu đề ra.

Về kinh tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý tổng số tiền gần 17 tỉ đồng gồm điều chỉnh giảm thời gian thu phí trạm T1 tương ứng với giá trị giảm trên 8,6 tỉ đồng do áp dụng lãi suất không đúng quy định; yêu cầu BVEC xuất toán khỏi giá trị công trình trên 2,7 tỉ đồng của các gói thầu xây lắp do áp dụng sai hệ số đầm chặt; giảm trừ tổng mức đầu tư trên 5,5 tỉ đồng bảo hiểm công trình do không mua theo đúng quy định...