Khoảng 80% các loại nông sản thực phẩm đang tiêu thụ tại thành phố có nguồn gốc từ các tỉnh, thành khác. Do quy mô nuôi trồng nhỏ lẻ, khó áp dụng hệ thống quản lý chất lượng, tính an toàn của sản phẩm chưa được kiểm soát chặt chẽ nên hầu như việc kiểm soát nuôi trồng tại những nơi này là không thể thực hiện. 

Việc giám sát chủ yếu được thực hiện tại ba chợ đầu mối thông qua cách kiểm tra nhanh và lấy mẫu nhưng số mẫu lấy không nhiều và không mang tính đại diện. Nhiều trường hợp khi có kết quả xác định lô hàng có hàm lượng dư thuốc bảo vệ thực vật vượt mức cho phép thì lô hàng đã được lưu thông ra ngoài thị trường. Hầu như các lô hàng về TP.HCM chưa được chứng nhận nguồn gốc và chất lượng, nên rất khó kiểm soát cũng như truy nguyên được nguồn gốc khi có sự cố xảy ra.

Trong lĩnh vực kinh doanh phụ gia thực phẩm, việc kiểm soát chất lượng chưa được thực hiện triệt để. Người kinh doanh phụ gia thực phẩm còn hạn chế về kiến thức nên chưa đủ trình độ hướng dẫn cho người sử dụng, dẫn đến việc sử dụng phụ gia trong sản xuất, chế biến thực phẩm còn nhiều vi phạm. Ngoài ra, khả năng phát hiện các độc chất có trong thực phẩm do người sản xuất chế biến chủ động bỏ vào, không có trong quy định hoặc trong cảnh báo vẫn còn khá hạn chế.

Để đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm, TP.HCM cần tăng cường công tác quản lý về an toàn vệ sinh thực phẩm; mở rộng xây dựng và quản lý thực phẩm theo chuỗi thực phẩm an toàn…