Trong trường hợp có nhiều công chức HQ cùng thực hiện trong một bước của qui trình thủ tục, thì công chức HQ thực hiện khâu cuối cùng sẽ ký xác nhận hoặc công chức do lãnh đạo HQ chỉ định sẽ đảm trách nhiệm vụ này.

Cũng theo qui trình mới, năm bước thủ tục cơ bản để thông quan hàng hóa đã được sắp xếp lại, gồm: tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra sơ bộ, đăng ký tờ khai, quyết định hình thức và mức độ kiểm tra; kiểm tra chi tiết hồ sơ, giá, thuế; kiểm tra thực tế hàng hóa; thu lệ phí HQ, đóng dấu “đã làm thủ tục HQ” và trả hồ sơ; cuối cùng là phúc tập hồ sơ.

Trao đổi với một cán bộ phòng nghiệp vụ (Cục HQ TP.HCM) cho biết qui trình mới có cải tiến, đó là việc quyết định hình thức và mức độ kiểm tra được thực hiện ngay từ bước một, thay vì chia ở hai bước như qui trình cũ (đề xuất ở bước 1 nhưng lãnh đạo quyết định ở bước 4), hạn chế được tình trạng hồ sơ phải chạy lòng vòng nếu xảy ra trục trặc.

Đặc biệt, theo qui trình mới, thẩm quyền quyết định thông quan hàng hóa và ký vào hồ sơ thông quan hàng hóa đều do cán bộ công chức quyết định. Với qui trình mới này, lãnh đạo HQ không còn phải tốn nhiều thời gian cho việc ký hồ sơ, tránh hiện tượng lãnh đạo HQ phải ký đến... 4.000 chữ ký mỗi ngày như trước đây.