Để phục vụ việc nạo vét này, ngày 12-6, Công ty Thoát nước Hà Nội đã phối hợp với Viện Khoa học và Công nghệ môi trường (Đại học Bách Khoa) tiến hành lấy mẫu khí, mẫu nước và mẫu trầm tích tại nhiều vị trí ở trong và chung quanh hồ Hoàn Kiếm để lập báo cáo đánh giá tác động môi trường. Đây là cơ sở dữ liệu quan trọng cho quá trình cải tạo hồ sau này.

Báo cáo này sẽ được trình Sở TN&MT Hà Nội, Bộ TN&MT xem xét, cho ý kiến. Trên cơ sở đó, đơn vị hoàn thiện phương án nạo vét và cải tạo môi trường nước hồ Hoàn Kiếm, trình UBND thành phố Hà Nội phê duyệt, quyết định. 

Phương án đề xuất của công ty là khảo sát và về cơ bản một trong những bước quan trọng trong công tác cải tạo môi trường nước hồ Hoàn Kiếm đó là nạo vét lớp bùn ở đáy hồ. Theo khảo sát lượng bùn ở hồ Hoàn Kiếm có nơi sâu đến 1m và có những chỗ từ mặt nước xuống mặt bùn có nơi chỉ còn 50cm.

Phương án nạo vét cũng rất cẩn trọng, chia làm 12 khu vực nạo vét, đầu tiên dùng lưới vây để dồn, vớt các hệ sinh vật thuỷ sản dưới hồ về 1 phía. Phương án thi công sẽ là nạo vét dần, cuốn chiếu, xong một ô mới chuyển sang ô khác. Đặc biệt xung quanh phần kè hồ, Tháp Rùa, đền Ngọc Sơn, cầu Thê Húc sẽ làm thủ công để bảo vệ chân kè.

Ngoài nạo vét thì lần này hồ Hoàn Kiếm sẽ được cải tạo tổng thể, còn cải tạo môi trường nước. Theo chỉ đạo của UBND thành phố, sau khi nạo vét xong sẽ để từ 4-5 tháng để môi trường hoàn nguyên rồi mới tiến hành lấy mẫu, kiểm tra, phân tích thật kỹ lưỡng sau đó mới tính tới bước tiếp theo. Điểm đặc biệt phải chú trọng trong lần cải tạo này là bảo vệ màu xanh đặc hữu của hồ Hoàn Kiếm.