Sau lễ triển khai chính thức, sẽ có 3 thủ tục đầu tiên được thực hiện thông qua cổng thông tin của Cơ chế một cửa quốc gia (NSW), gồm: thủ tục với tàu biển xuất cảnh, nhập cảnh và quá cảnh tại 3 địa bàn Hải Phòng, TP.HCM và Bà Rịa-Vũng Tàu.

Việc giải quyết 3 thủ tục liên quan đến 5 Bộ: Tài chính (Tổng cục Hải quan), Giao thông vận tải, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Quốc phòng.

Tổng cục Hải quan - cơ quan thường trực Ban chỉ đạo Quốc gia về Cơ chế một cửa ASEAN và NSW cho biết các giấy tờ mà doanh nghiệp vận tải biển sẽ gửi đến cổng thông tin điện tử của NSW bao gồm 12 chứng từ, đó là: Bản khai chung; danh sách thuyền viên; danh sách hành khách; bản khai hàng hóa; bản khai hàng hóa nguy hiểm; bản khai dự trữ của tàu; bản khai hành lí thuyền viên; giấy khai báo y tế hàng hải; bản khai kiểm dịch thực vật; bản khai kiểm dịch động vật; giấy phép rời cảng; bản khai an ninh tàu biển.

Có 4 cơ quan quản lý xử lí thủ tục đối với 12 loại giấy tờ nêu trên, gồm: cảng vụ (thuộc Cục Hàng hải Việt Nam), hải quan, biên phòng, kiểm dịch động, thực vật.

Theo quy định, hiện nay các giấy tờ trên doanh nghiệp vẫn đang nộp để các cơ quan chức năng xử lí. Tuy nhiên, thay vì phải đến từng đơn vị để thực hiện thủ tục thì nay doanh nghiệp chỉ cần gửi thông tin lên cổng thông tin điện tử của NSW và nhận kết quả xử lí từ đầu mối duy nhất này.

Thông tin của doanh nghiệp khi gửi lên NSW sẽ được tiếp nhận, xử lí theo 5 bước gồm: doanh nghiệp gửi thông tin; cổng NSW tiếp nhận thông tin; thông tin được cổng NSW tự động chuyển đến các đơn vị liên quan để xử lý; các cơ quan sau khi nhận thông tin sẽ xử lí theo quy trình nghiệp vụ nội bộ; sau khi có kết quả xử lí, các đơn vị chuyển thông tin lại cho cổng NSW và cổng sẽ chuyển kết quả xử lí của tất cả các cơ quan cho doanh nghiệp.

Quá trình trao đổi thông tin giữa các bước đều được thực hiện trực tuyến.