Tuy nhiên, theo bà Xuyên, vẫn còn một số bệnh viện để xảy ra những tồn tại trong khám, chữa bệnh như quá tải bệnh viện; thủ tục hành chính trong khám, chữa bệnh còn phức tạp, rườm rà; tinh thần thái độ phục vụ người bệnh của một số cán bộ, nhân viên y tế chưa được cải thiện; lạm dụng thuốc, lạm dụng xét nghiệm...

Lý giải nguyên nhân các tồn tại trên, bà Xuyên cho rằng chủ yếu do nhiều cơ sở y tế tuyến dưới còn thiếu bác sĩ, sự chênh lệch về chất lượng khám, chữa bệnh giữa các bệnh viện tuyến trên, tuyến dưới còn lớn. Đặc biệt về mặt trái của cơ chế tự chủ tài chính, xã hội hóa ở các bệnh viện công lập vẫn còn một số tồn tại...