Theo đó, các trường này do tự xác định chỉ tiêu vượt năng lực, thậm chí có trường còn tuyển sinh vượt cả chỉ tiêu đã xác định vượt năng lực trước đó sẽ không còn quyền tự chủ trong xác định chỉ tiêu tuyển sinh mà phải nhận chỉ tiêu do bộ xác định. Thực tế, có trường đang đào tạo lượng SV vượt năng lực hiện có, nhưng Bộ GD-ĐT vẫn phải duy trì chỉ tiêu xác định để các trường có thể duy trì tuyển sinh liên tục hằng năm. Các trường bị bộ cắt giảm chỉ tiêu so với năm 2012 gồm Trường CĐ Bách khoa Đà Nẵng, CĐ Công thương TP.HCM, CĐ Kinh tế - tài chính Thái Nguyên, CĐ Kỹ thuật y tế II, CĐ Văn hóa nghệ thuật và du lịch Sài Gòn, ĐH Chu Văn An, ĐH Công nghiệp thực phẩm TP.HCM, ĐH Công nghiệp Việt - Hung, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng, ĐH Lương Thế Vinh, ĐH Nguyễn Trãi, ĐH Nội vụ Hà Nội, ĐH Quy Nhơn, ĐH Tài chính - quản trị kinh doanh, ĐH Tài nguyên - môi trường, ĐH Tây Bắc, ĐH Văn Lang, ĐH Yersin Đà Lạt, CĐ Kỹ thuật công nghiệp Quảng Ngãi, ĐH Bà Rịa - Vũng Tàu, ĐH Công nghiệp TP.HCM, ĐH Cửu Long, ĐH Ngoại ngữ tin học TP.HCM.

Trong số này có hai trường bị cắt giảm chỉ tiêu “mạnh tay” nhất, chỉ tiêu năm 2013 còn chưa đến 1/2 so với năm 2012 là Trường ĐH Công nghiệp thực phẩm TP.HCM giảm từ 8.200 xuống còn 4.000 chỉ tiêu, Trường ĐH Công nghiệp TP.HCM giảm chỉ tiêu cho tất cả các hệ chính quy (trung cấp, CĐ, ĐH, liên thông) từ hơn 17.000 xuống còn 7.500 chỉ tiêu.