Theo đó, báo cáo chỉ rõ các ngân hàng thương mại góp vốn, mua cổ phần nằm trong giới hạn cho phép nhưng hiệu quả đầu tư thấp. Thu nhập từ hoạt động đầu tư năm 2012 của Ngân hàng TMCP Công thương VN (VietinBank) bằng 5,65% giá trị đầu tư, của Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn (Agribank) bằng 3,57%; tỉ suất sinh lời từ một số hoạt động đầu tư năm 2011-2012 của Ngân hàng TMCP Ngoại thương VN (Vietcombank) chỉ đạt 3,3-5,3%.

Nhiều khoản đầu tư của Agribank cũng đã suy giảm trên 60% giá trị đầu tư, như khoản đầu tư vào Công ty CP đầu tư Vietnamnet suy giảm 68% giá trị; Công ty CP vận tải Vinaconex: 72%; Công ty CP Ximăng Hà Tiên 1: 85,08%; Công ty CP Tập đoàn CMC: 90,43%.

Còn VietinBank có 3/4 mã chứng khoán bị suy giảm, trong đó khoản đầu tư vào Công ty CP Ximăng Hà Tiên 1 suy giảm 84,38%; Công ty CP Cao su Phước Hòa 49,57% và Công ty CP Gang thép Thái Nguyên 38,61%. Đặc biệt, Agribank đầu tư vào một số đơn vị kinh doanh thua lỗ không bảo toàn được vốn: Công ty Cho thuê tài chính I, Công ty Cho thuê tài chính II, Ngân hàng TMCP Đại Tín.

Về kết quả hoạt động kinh doanh, Kiểm toán Nhà nước đánh giá dù năm 2012 tình hình kinh tế - xã hội còn nhiều khó khăn, thách thức tác động trực tiếp đến hoạt động của hệ thống ngân hàng, song kết quả hoạt động kinh doanh có lãi như lợi nhuận kế toán trước thuế năm 2012 của VietinBank, Vietcombank và Agribank lần lượt là 8.121 tỉ đồng, 5.764 tỉ đồng và 2.876 tỉ đồng. Tyỉ lệ khả năng sinh lời đều trên 75%: Vietcombank là 94,87%; VietinBank là 94,42% và Agribank là 87,9%.

Bên cạnh những kết quả đã đạt được, tỉ suất lợi nhuận trên vốn tại các ngân hàng đều giảm so với năm 2011. VietinBank năm 2011 là 35,73%, năm 2012 là 28,97%; Vietcombank năm 2011 là 23,79%, năm 2012 là 13,6%; Agribank năm 2011 là 7,11%, năm 2012 là 5,39%.

Đánh lưu ý, tỉ lệ nợ xấu tăng nhanh, tính đến thời điểm cuối quý 2-2013, nợ xấu của VietinBank là 2,21%, Vietcombank 2,66%. Đặc biệt, nợ có khả năng mất vốn chiếm tỉ lệ lớn trên tổng nợ xấu của VietinBank là 2.132 tỉ đồng, chiếm 42,8% dư nợ xấu; Agribank 23.652 tỉ đồng, chiếm 60% tổng dư nợ xấu, bằng 89% vốn điều lệ.