Theo bản án sơ thẩm, đầu năm 2013 căn cứ kết quả thanh tra việc đóng thuế tại Công ty Indochina từ năm 2007 - 2009, cục trưởng Cục Thuế TP.HCM ra quyết định truy thu hơn 462 triệu đồng tiền thuế và 143 triệu đồng tiền xử phạt vi phạm hành chính về thuế với công ty này.

Cho rằng đã hoàn thành nghĩa vụ về thuế, Công ty Indochina Legal đã khiếu nại quyết định trên.

Sau khi xem xét đơn khiếu nại, Cục Thuế TP.HCM đã điều chỉnh số tiền truy thu và nộp phạt còn hơn 447 triệu đồng tiền thuế và 136 triệu đồng tiền phạt vi phạm hành chính về thuế.

Không đồng ý, doanh nghiệp này tiếp tục khiếu nại lần hai nhưng không được chấp nhận.

Tháng 5-2013, công ty này vẫn đóng số tiền thuế truy thu và tiền phạt như quyết định của Cục Thuế, đồng thời khởi kiện cục trưởng Cục Thuế TP.HCM.

Đại diện công ty cho rằng trong hai năm đầu thành lập từ 2007 - 2008, đơn vị đang được hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp. Do vậy lợi nhuận phát sinh trong thời gian này không ảnh hưởng đến số thuế phải nộp.

Mặt khác, thời điểm Cục Thuế thanh tra, thông tư 134/2007 của Bộ Tài chính không còn hiệu lực. Việc căn cứ vào văn bản này để truy thu thuế trên lợi nhuận công ty có được trong thời gian được miễn thuế là sai.

Ngoài ra, phía công ty cho biết việc Cục Thuế không chấp nhận khoản chi phí thuê nhà ở cho giám đốc người nước ngoài được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào mà buộc truy thu khoản tiền này đối với công ty là không đúng.

Từ đó, Indochina Legal đề nghị tòa hủy quyết định hành chính của Cục Thuế TP.HCM về việc truy thu và phạt vi phạm nghĩa vụ thuế đối với đơn vị này, buộc trả lại cho công ty số tiền đã đóng và mức lãi suất phát sinh do chậm trả.

Đại diện ngành thuế TP.HCM cho rằng năm 2007 và 2008 Công ty Indochina không đáp ứng các yêu cầu được hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập theo thông tư 134/2007 của Bộ Tài chính.

Việc công ty đề nghị áp dụng thông tư mới 123/2012 của Bộ Tài chính để hưởng ưu đãi là không hợp lý.

Đồng thời Cục Thuế cũng không chấp nhận chi phí thuê nhà ở cho giám đốc là thuế giá trị gia tăng được khấu trừ vì việc này không dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty.

Cuối năm 2014, TAND TP.HCM đã xử sơ thẩm, chấp nhận một phần yêu cầu của nguyên đơn, tuyên hủy quyết định của Cục Thuế TP.HCM và các quyết định giải quyết khiếu nại, buộc Cục Thuế TP.HCM phải trả 460 triệu đồng truy thu và phạt vi phạm đối với Công ty Indochina Legal.

Tòa cấp sơ thẩm cho rằng theo quy định, Công ty Indochina thuộc danh mục được ưu đãi miễn thuế hai năm đầu (2007-2008). Vào đầu năm 2013, sau khi thanh tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của đơn vị này tăng thêm, cục trưởng Cục Thuế đã căn cứ vào thông tư 134/2007 của Bộ Tài chính để truy thu là không đúng. Bởi thời điểm này thông tư 134 đã được thay thế bằng văn bản khác.

Không đồng ý với bản án này, Cục Thuế TP.HCM kháng cáo đề nghị hủy toàn bộ bản án sơ thẩm. Phía Công ty Indochina Legal cũng kháng án yêu cầu cấp phúc thẩm buộc Cục Thuế phải bồi thường thêm 40 triệu đồng tiền lãi suất chậm trả trên số tiền thu sai quy định.

Tại tòa phúc thẩm, các bên vẫn giữ nguyên quan điểm như tại cấp sơ thẩm.

Xét thấy quyết định truy thu của cục trưởng Cục Thuế TP.HCM đối với Công ty Indochina là không đúng nên tòa đã bác kháng cáo, buộc Cục Thuế TP.HCM phải hoàn trả tiền đã thu của nguyên đơn.

Đối với yêu cầu đòi bồi thường tiền lãi suất chậm trả của Công ty Indochina, tòa cho rằng nghĩa vụ phát sinh từ hành vi sai phạm của cơ quan nhà nước được giải quyết theo Luật trách nhiệm bồi thường nhà nước. Do vậy, Công ty Indochina có thể khởi kiện thành một vụ án khác.