Theo đó, trong vùng thông báo bay thuộc trách nhiệm của Trung tâm kiểm soát đường dài (ACC) Hồ Chí Minh, để tránh ảnh hưởng của vùng thời tiết xấu, trong khoảng thời gian từ 15g12 đến 15g15 (giờ địa phương), kiểm soát viên không lưu đã yêu cầu máy bay mang số hiệu VJ 3258 của Vietjet Air đang trên hành trình từ Cần Thơ đi Đà Nẵng điều chỉnh độ cao lên mực bay FL310 (31.000 bộ) và máy bay mang số hiệu VN 1203 của Vietnam Airlines đang trên hành trình từ Hà Nội đi Cần Thơ điều chỉnh mực bay xuống FL320 (32.000 bộ).

Khi ở độ cao này, tổ bay của VN 1203 đã thông báo nhìn thấy tàu bay VJ 3258 bay ngược chiều trên hệ thống TCAS (hệ thống cảnh báo va chạm).

Tuy nhiên, tổ lái chuyến bay VN 1203 đã nhầm lẫn khi đặt độ cao, máy bay hạ xuống mực bay FL300 (30.000 bộ). Cự ly ngắn nhất giữa hai tàu bay khi cùng độ cao 31.000 bộ vào khoảng gần 12 km.

Ngay lúc đó, hệ thống TCAS của hai máy bay đã được kích hoạt và tổ bay đã thực hiện đúng theo khuyến cáo tránh va chạm của hệ thống để điều chỉnh mực bay phù hợp. Chuyến bay sau đó đã hạ cánh an toàn.

Ngay sau khi sự việc xảy ra, VNA đã lập tức đình chỉ tổ bay, yêu cầu tổ bay giải trình và hợp tác điều tra với Cục Hàng không VN. Hãng cũng tổ chức bình giảng, rút kinh nghiệm với toàn bộ lực lượng tổ lái.