Malaga là một trong 16 đội vượt qua vòng bảng Champions League 2012-2013. Theo kết quả bốc thăm, họ gặp CLB Porto (Bồ Đào Nha) ở vòng knock-out. Theo UEFA, Malaga được phép thi đấu hết Champions League năm nay. Tuy nhiên, trong thời gian từ năm 2013-2017, nếu Malaga giành quyền chơi ở Champions League hoặc Europa League, họ sẽ bị cấm một mùa. Bên cạnh đó, Malaga còn phải nộp phạt 300.000 euro. Mọi chuyện sẽ còn tồi tệ hơn với Malaga nếu từ nay đến hết tháng 3-2013, họ không giải quyết được vấn đề lương bổng cho cầu thủ và trả hết tiền nợ thuế. Trong trường hợp đó, án phạt của Malaga sẽ tăng lên hai năm.

Đây là một trong những động thái cứng rắn đầu tiên của UEFA nhằm siết chặt luật cân bằng tài chính. Dù vậy, Malaga tuyên bố án phạt của UEFA là “không công bằng và phi lý” và cho biết sẽ “làm việc liên tục để đòi lại công bằng”. Theo thông báo trên trang web của CLB, Malaga cho rằng cuộc điều tra của UEFA là không minh bạch và họ đã bị UEFA lấy làm vật răn đe cho các CLB khác. Thông báo cũng bác bỏ cáo buộc của UEFA rằng Malaga không đủ khả năng trả lương cho cầu thủ.

Năm 2011, Malaga được ông chủ Sheikh Abdullah Al Thani (Qatar) mua lại. Tỉ phú này đã mang về CLB nhiều ngôi sao như Santi Cazorla, Joaquin, Julio Baptista và qua đó giúp Malaga giành quyền dự Champions League. Tuy nhiên, kết thúc mùa giải 2011-2012, Malaga gặp vấn đề về tài chính và bị UEFA điều tra. Hiện Malaga vẫn đang thi đấu tốt và xếp thứ 4 tại Giải vô địch Tây Ban Nha.