Hai đơn vị này sẽ kết hợp về công tác tổ chức và cán bộ, đào tạo và cung ứng dịch vụ y tế, nghiên cứu khoa học, chỉ đạo tuyến, đầu tư và sử dụng trang thiết bị. Nguyên tắc kết hợp: đảm bảo sự bình đẳng về trách nhiệm, lợi ích giữa bệnh viện và trường; đảm bảo tính độc lập về tài chính và tính tự chủ cơ bản của mỗi cơ sở nhằm sử dụng tổng hợp tối đa các nguồn lực của các bên.

Tất cả các cán bộ của trường giảng dạy thực hành lâm sàng tại bệnh viện phải trực tiếp tham gia khám chữa bệnh và thực hiện theo quy chế bệnh viện. Ngược lại các cán bộ giảng kiêm nhiệm từ bệnh viện có nghĩa vụ tham gia giảng dạy lý thuyết tại trường hoặc hướng dẫn thực hành tại bệnh viện cho các đối tượng sinh viên và học viên của trường. Khối lượng công việc không vượt quá 50% theo quy định về chỉ tiêu làm việc của mỗi cơ sở.

Giám đốc Bệnh viện Nhân dân 115 và Hiệu trưởng Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch có kế hoạch sử dụng tối đa công suất các trang thiết bị của trường và bệnh viện trong công tác đào tạo cán bộ, nghiên cứu khoa học và chăm sóc sức khỏe nhân dân.

Hiệu trưởng Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch và Giám đốc Bệnh viện Nhân dân 115 có trách nhiệm tổ chức phối hợp các đề tài nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực chuyên môn liên quan với nhau nhằm phát huy tối đa các nguồn lực sẵn có của hai đơn vị để tiến hành, nâng cao chất lượng công trình nghiên cứu khoa học và tăng cường tính ứng dụng vào thực tiễn giảng dạy và điều trị.