Theo đó, kể từ ngày được Bộ Giao thông vận tải cho phép thu phí đến hết ngày 31-12-2015, mức thu cụ thể như sau: xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là 30.000 đồng/lượt; xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn là 40.000 đồng/lượt; xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn là 65.000 đồng/lượt; xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng Container 20 feet là 120.000 đồng/lượt; xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 feet là 180.000 đồng/lượt.

Kể từ ngày 1-1-2016 trở đi, mức thu tăng lên như sau: xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là 35.000 đồng/lượt; xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn là 50.000 đồng/lượt; xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn là 75.000 đồng/lượt; xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 feet là 140.000 đồng/lượt; xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 feet là 200.000 đồng/lượt.

Tổng số tiền thu phí hàng năm sau khi trừ các khoản thuế theo quy định được xác định là khoản tiền hoàn vốn theo phương án tài chính của Hợp đồng BOT dự án thành phần 1- Dự án đầu tư xây dựng cầu Cổ Chiên, Quốc lộ 60, tỉnh Bến Tre và tỉnh Trà Vinh.

Đơn vị được Bộ Giao thông vận tải giao nhiệm vụ tổ chức thu phí sử dụng đường bộ trạm thu phí cầu Cổ Chiên, quốc lộ 60, tỉnh Trà Vinh có trách nhiệm tổ chức các điểm bán vé tại trạm thu phí thuận tiện cho người điều khiển phương tiện giao thông, tránh ùn tắc giao thông, bán kịp thời đầy đủ các loại vé theo yêu cầu của người mua, không hạn chế thời gian bán vé tháng, vé quý; thực hiện đăng ký, kê khai, thu, nộp, sử dụng chứng từ thu, công khai chế độ thu phí sử dụng đường bộ.

Thời gian bắt đầu thu phí được tính từ khi dự án được Bộ Giao thông vận tải cho phép nghiệm thu và đã thực hiện nghiệm thu hoàn thành, đưa vào sử dụng và được Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định cho phép thu phí.