Ngày 17-9, Nguyễn Quang Thuận chạy xe máy tới kho hàng Công ty Việt Lê Gia (P.Long Trường, Q.9), sau đó để xe lại và theo xe tải do tài xế Phan Thành Công (31 tuổi, ngụ Bình Thuận) đi giao hàng. Chiều cùng ngày, khi về lấy xe, Thuận phát hiện bị mất 100 triệu đồng để trong cốp và nghi ngờ Trần Ngọc Hòa (19 tuổi, người làm thuê cạnh kho hàng công ty) trộm tiền. Tối 17-9, sự việc được tài xế Phan Thành Công kể cho Bùi Thiện Khiêm nghe. Khiêm nhận lời đòi lại số tiền đã mất với điều kiện phải chia đôi số tiền (50 triệu đồng - PV) và ra giá đưa trước cho Khiêm 4 triệu đồng để làm tin.

Khoảng 6g ngày 18-9, Khiêm liên hệ với Thuận “sắp xếp” rồi cùng nhóm năm người đi taxi đến quán cà phê trên đường Tam Đa (P.Long Trường) gặp Thuận lấy 4 triệu đồng. Do sắp đặt từ trước, khoảng 8g Thuận rủ Hòa đi uống cà phê. Khi Thuận và Hòa vừa xuất hiện thì nhóm Khiêm ập vào túm cổ Hòa kéo ra phía sau quán đánh đập, sau đó khống chế lên taxi đưa về một quán cà phê trên đường Lê Văn Lương (Q.7).

Tại đây, Khiêm cùng đồng phạm thay phiên nhau đánh đập, tra khảo Hòa về số tiền của Thuận. Hòa không nhận, nhóm Khiêm tra tấn bằng cách trói tay chân, nhúng đầu vào thùng nước, thả vào hồ cá, dùng ghế nhấn đầu, dùng cây tre đánh đập, đồng thời dùng bao nilông đốt nhỏ vào mặt và khắp các vị trí trên cơ thể. Đến 13g cùng ngày, cả nhóm mới thả cho Hòa về. Hòa đến Công an P.Long Trường trình báo sự việc. Tại cơ quan điều tra, Thuận, Khiêm đã thừa nhận hành vi phạm tội.