Lý do mà Thanh tra TP đưa ra là Thanh tra Chính phủ đã lập 2 đoàn thanh tra liên quan đến dự án này. Các kết luận đã chỉ ra cụ thể các sai phạm của chủ đầu tư là Công ty Tư vấn đầu tư và phát triển đô thị. Việc tiếp tục thành lập đoàn thanh tra liên ngành là một hình thức thanh tra lại, mà việc này không có cơ sở và không đúng quy định tại nghị định 86/2011.

Thanh tra TP cũng kiến nghị UBND TP chỉ đạo cơ quan chức năng tổ chức thực hiện nghiêm các kiến nghị tại các kết luận thanh tra, chấn chỉnh công tác quản lý nhà nước đối với dự án này.

Kết quả các cuộc thanh tra trước đó đã chỉ ra sai phạm của cá nhân ông Nguyễn Văn Tùng - nguyên tổng giám đốc công ty và các sai phạm của công ty liên quan đến nghĩa vụ tài chính, công tác bồi thường giải phóng mặt bằng, việc mua bán nhà đất và việc quản lý, bố trí sử dụng các căn hộ chung cư khi thực hiện dự án.

Trước đó, Phó thủ tướng thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình chủ trì họp về giải quyết khiếu nại của Công ty cổ phần Tư vấn đầu tư và phát triển đô thị liên quan đến dự án Miếu Nổi.

Phó thủ tướng thường trực đã giao UBND TP chỉ đạo thanh tra toàn diện dự án này. Trên cơ sở kết quả thanh tra sẽ rà soát lại quy hoạch dự án, có biện pháp xử lý sai phạm của chủ đầu tư liên quan đến việc thực hiện dự án, giải quyết dứt điểm khiếu nại của người dân.