Đồng thời HĐXX cũng yêu cầu cơ quan an ninh điều tra (ANĐT) tiến hành giám định bút tích của bị cáo Linh và của thiếu tướng Trần Văn Thanh (nguyên giám đốc Công an Đà Nẵng, hiện là chánh thanh tra Bộ Công an) mà Cơ quan ANĐT đã thu giữ được tại nhà vợ cũ của Linh để làm rõ các tình tiết trong vụ án. Đặc biệt HĐXX đã yêu cầu Viện Kiểm sát phải khởi tố đối với ông Trần Văn Thanh về hành vi đồng phạm trong vụ án hình sự này.

Theo chủ tọa phiên tòa, ông Trần Văn Thanh có những hành vi vi phạm pháp luật như sau: “Có căn cứ cho rằng Trần Văn Thanh gặp Đinh Công Sắt lần đầu tại Đà Nẵng, các lần gặp tiếp theo trực tiếp và qua điện thoại tại Đà Nẵng, Hà Nội và TP.HCM để kích động, xúi giục, hứa hẹn, lôi kéo Sắt đi vào con đường phạm tội. Ngoài ra, Trần Văn Thanh còn xúi giục Sắt bỏ trốn.

Trong quá trình điều tra, Cơ quan ANĐT thu giữ tại nhà Phan Thị Kim Tiến, vợ cũ của Linh, những tài liệu là các đơn khiếu tố có bút tích của ông Trần Văn Thanh. Trong quá trình khai nhận, Nguyễn Phi Duy Linh thừa nhận đã sử dụng những tài liệu trên để làm đơn kiến nghị tố cáo lãnh đạo TP Đà Nẵng, lãnh đạo Công an TP Đà Nẵng gửi các cơ quan trung ương và báo chí. Sau khi Sắt bỏ trốn, Linh đã tạo điều kiện để ông Trần Văn Thanh gặp Sắt hai lần: một lần qua điện thoại và một lần cả ba trực tiếp gặp nhau tại TP.HCM.

Với những hành vi trên, nếu không khởi tố bị can (ông Trần Văn Thanh-PV), làm rõ để xử lý một cách nghiêm minh là bỏ lọt tội phạm và để có căn cứ, xác định người chủ mưu, cầm đầu chỉ huy việc thực hiện tội phạm trong vụ việc này, vì vậy sẽ không đảm bảo công bằng trước pháp luật đối với các bị cáo Linh, Tiến và Sắt...”.

Trước đó, tại phiên tòa Nguyễn Phi Duy Linh cho rằng: không hề xúi giục việc đưa hai bà mẹ VN anh hùng (bà nội và bà ngoại của Sắt) ra Hà Nội để khiếu kiện, cũng như không hề xúi giục Nguyễn Pháp (cậu ruột Sắt) làm băngrôn khiếu kiện như ghi trong cáo trạng. Ngay cả những đơn thư khiếu nại, tố cáo được gửi đi từ Bưu điện Hội An (Quảng Nam) mà Cơ quan ANĐT thu giữ được cũng bị Linh không thừa nhận do mình soạn thảo.

Trong quá trình khai tại tòa, Linh một mực kêu rằng đã bị các điều tra viên ép cung, ghi sẵn lời khai và bắt Linh ký nhận. HĐXX cũng đã chất vấn bị cáo Dương Tiến. Tiến cho rằng không đồng ý sáu mục trong bản cáo trạng, cụ thể: bị cáo Tiến không tư vấn viết đơn khiếu nại cho bất cứ một ai, không tham gia phát tán tài liệu, việc vào Đà Nẵng là do chỉ đạo của ban biên tập báo cử đi chứ không phải tự ý đi để “nắm tình hình” như cáo trạng nêu...

Trước lời từ chối “không hề cung cấp các tài liệu 73,77 của Viện KSND TP Đà Nẵng cho Dương Tiến” của ông Nguyễn Văn Yên (sĩ quan công an, công tác tại Văn phòng Ban chỉ đạo T.Ư về phòng chống tham nhũng) với Cơ quan ANĐT, Dương Tiến cho rằng: “Điều này là không đúng, nếu cần tôi xin được đối chất trước tòa với ông Yên”.