Theo thông tin này, Thanh tra TP kiến nghị cấp thẩm quyền yêu cầu các cơ quan chức năng kiểm tra về thuế đối với các khoản thu chưa đăng ký kê khai thuế từ khi thành lập năm 1995 đến năm học 2006-2007 và các khoản thu, kê khai chưa đầy đủ của trường mà Thanh tra TP đã phát hiện, kết luận. Đồng thời kiểm tra, xử lý việc đăng ký góp vốn của các cổ đông sáng lập Công ty cổ phần đầu tư phát triển Trường ĐH Hùng Vương nhưng thực tế không góp vốn, trong đó có nhà trường.

Cũng theo thông tin trên, Trường ĐH Hùng Vương có trách nhiệm kiểm tra, rà soát để có biện pháp khắc phục, chấn chỉnh các sai sót; rà soát, bổ sung và hoàn tất đầy đủ thủ tục chuyển sang loại hình tư thục nhằm chấn chỉnh các sai sót trong thời gian qua. Nhà trường tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm về các sai sót được Thanh tra TP kết luận.

Qua thanh tra cho thấy có một số điểm đáng lưu ý như việc ông Đặng Thành Tâm ký ban hành các văn bản với tư cách chủ tịch hội đồng quản trị ở những thời điểm đến trước ngày 14-6-2011 (ngày có quyết định của UBND TP công nhận) là chưa đủ cơ sở pháp lý, do trong thời gian này ông chưa được công nhận chủ tịch hội đồng quản trị. Xem xét một số vấn đề liên quan đến tài chính cho thấy nhà trường bị truy thu và phạt thuế hơn 5,5 tỉ đồng (đã nộp đầy đủ), không kê khai số tiền hơn 6,2 tỉ đồng là doanh thu năm học 2007-2008...

Ngoài ra, nhà trường đã không lập thủ tục miễn nhiệm hiệu trưởng trước khi bổ nhiệm quyền hiệu trưởng mới, dẫn đến có một thời gian nhà trường có cả hiệu trưởng và quyền hiệu trưởng. Năm học 2009, trường tuyển sinh vượt quá chỉ tiêu hệ cao đẳng chính quy dẫn đến vượt quá hơn 30% tổng chỉ tiêu tuyển sinh ĐH, CĐ được giao.