Ở trận đấu này, khi tỉ số đang là 2-2 và trận đấu còn đến bốn phút mới hết giờ, cả HPN Phú Nhuận và Casanco đều không chịu tranh cướp bóng, tổ chức tấn công mà cứ chuyền bóng ở phần sân nhà khiến khán giả có mặt trên sân la ó phản ứng. Trong đó, Casanco lẽ ra phải tổ chức tấn công để tìm chiến thắng vì kết quả hòa họ vẫn có thể bị loại nếu như Hoàng Thư Đà Nẵng hòa hoặc thắng Sanna Khánh Hòa ở trận đấu diễn ra sau đó.

Sau khi xem xét, ban kỷ luật VFF đã quyết định trừ HPN Phú Nhuận và Casanco mỗi đội một điểm. Điều này khiến Casanco từ chỗ là đội vào vòng 2 đã bị loại. Còn Hoàng Thư Đà Nẵng từ chỗ bị loại (sau khi thua Sanna Khánh Hòa 0-2) đã lọt vào vòng 2. Bởi dù có cùng 3 điểm với HPN Phú Nhuận và Hoàng Thư Đà Nẵng sau bốn trận nhưng Casanco thua trong đối đầu trực tiếp. Cụ thể, Casanco thua Hoàng Thư Đà Nẵng 2-3, HPN Phú Nhuận thắng Hoàng Thư Đà Nẵng 3-0 trong khi chiến thắng duy nhất của Casanco là 3-2 trước Sanna Khánh Hòa.

Ngoài ra, ban kỷ luật VFF cũng ra án phạt với hai cầu thủ của Hoàng Thư Đà Nẵng vì hành vi phi thể thao đá bóng vào người trọng tài chính để phản ứng trong trận thua Sanna Khánh Hòa 0-2. Theo đó, Huỳnh Văn Phúc và Trần Văn Trung bị phạt 5 triệu đồng và bị cấm tham gia mọi hoạt động bóng đá do VFF tổ chức trong sáu tháng.

Tối 7-4, VFF đã bốc thăm, xếp lịch thi đấu giai đoạn 2, diễn ra từ ngày 12 đến 23-4 tại nhà thi đấu Phú Thọ. Theo đó, bốn trận ngày khai mạc là HPN Phú Nhuận - Tân Hiệp Hưng, Thái Sơn Nam - Thái Sơn Bắc, Sanatech Khánh Hòa - Sanna Khánh Hòa và An Phước Bình Thuận - Hoàng Thư Đà Nẵng. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm. Đội vô địch sẽ nhận cúp, cờ và 80 triệu đồng tiền thưởng.