Theo cơ quan điều tra, Trung tâm xuất khẩu (thuộc Seaprodex) có con dấu, tài khoản riêng nhưng có cùng mã số thuế của tổng công ty. Hằng tháng, trung tâm lập tờ khai thuế báo cáo với tổng công ty để tổng công ty lập tờ khai thuế với Cục Thuế TP.HCM, từ đó Cục Thuế ra các quyết định hoàn thuế với tổng công ty và tổng công ty có nghĩa vụ chi trả tiền hoàn thuế lại cho trung tâm xuất khẩu.

Lợi dụng vào sự nhập nhằng này, các bị can đã câu kết với các công ty bên ngoài để mua hóa đơn, lập hồ sơ khống xuất hàng may mặc đi Hungary nhưng thực chất không có hàng để chiếm đoạt hơn 3 tỉ đồng tiền hoàn thuế.

Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự quản lý kinh tế và chức vụ đã ra quyết định truy nã trên toàn quốc đối với bị can Tống Văn Dư (đã khởi tố và có quyết định bắt tạm giam ngày 27-5), giám đốc Công ty TNHH Bắc Giang (Q.Tân Bình). Tháng 1-2002, Dư đứng ra thành lập Công ty TNHH Bắc Giang (thực tế không hoạt động, không đóng thuế), sau đó ký sáu hợp đồng và ba phụ kiện hợp đồng với nội dung bán hàng may mặc cho Trung tâm xuất khẩu. Dư đã xuất 12 hóa đơn giá trị gia tăng khống cho trung tâm trị giá hơn 11 tỉ đồng. Ngược lại, trung tâm đã viết 17 phiếu chi tiền mua hàng may mặc cho Công ty Bắc Giang với tổng số tiền hơn 10 tỉ đồng nhưng thực tế Dư chỉ nhận 30 triệu đồng, số còn lại là khống.

Cơ quan điều tra cũng sẽ làm rõ trách nhiệm cá nhân của lãnh đạo Seaprodex trong việc quản lý, giám sát để vụ việc tiêu cực ở Trung tâm xuất khẩu xảy ra trong thời gian dài mà không hề hay biết.