Thông tư quy định, việc cấp giấy phép khảo nghiệm thuốc bảo vệ thực vật (BVTV); cấp giấy chứng nhận đăng ký chính thức thuốc BVTV; cấp giấy chứng nhận đăng ký bổ sung thuốc BVTV (mỗi dạng, hàm lượng bổ sung); cấp gia hạn giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV; cấp giấy phép nhập khẩu thuốc và nguyên liệu thuốc BVTV… đều có mức lệ phí 300.000 đồng/lần.

Đối với phí thẩm định phục vụ cấp giấy phép khảo nghiệm thuốc BVTV diện hẹp và diện rộng (1 đối tượng dịch hại/cây trồng, 1 dạng thuốc thành phẩm, 1 mức hàm lượng) là 6 triệu đồng/lần; phí thẩm định phục vụ cấp giấy chứng nhận đăng ký chính thức thuốc BVTV là 9 triệu đồng/lần…

Đối tượng nộp phí, lệ phí là các tổ chức, cá nhân (không phân biệt trong nước hay ngoài nước) khi được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thực hiện các công việc về bảo vệ, kiểm dịch thực vật, quản lý thuốc bảo vệ thực vật, kiểm tra an toàn thực phẩm và các hoạt động khác trong lĩnh vực bảo vệ thực vật.