Thanh tra Chính phủ xác định chủ đầu tư đã nghiệm thu, thanh toán khối lượng xúc, vận chuyển đá sau nổ mìn sai định mức gần 8 tỉ đồng; thanh toán chi phí bổ sung khối lượng đập tràn, đập bêtông trọng lực gần 8 tỉ đồng.

Một số hạng mục nhà thầu không thi công vẫn được Ban quản lý dự án thủy điện 1 xác nhận để thanh toán với số tiền gần 2 tỉ đồng. Ngoài ra, ban quản lý dự án còn nghiệm thu thanh toán một số khoản mục khoán gọn tổng trị giá gần 32 tỉ đồng, phê duyệt thanh toán sai quy định hơn 57 tỉ đồng chi phí làm đêm cho nhà thầu...

Về khoản giảm trừ trên 144 tỉ đồng tiền tiết kiệm 5% giá trị xây lắp, Thanh tra Chính phủ xác định nhà thầu cung cấp thiết bị đã không tập trung đầy đủ máy móc thiết bị, nhân lực thi công; cung cấp thiết bị không kịp thời theo tiến độ quy định... dẫn đến chậm tiến độ. Do đó, Thanh tra Chính phủ xác định đơn vị thi công không được hưởng khoản tiền thưởng từ 5% khoản tiền tiết kiệm này.

Trong quá trình tiến hành thanh tra, Thanh tra Chính phủ xác định công trình thi công ba tổ máy phát điện bị chậm tiến độ, ảnh hưởng tiến trình hòa lưới điện quốc gia, số liệu điều tra số dân bị ảnh hưởng phải di dời đã bỏ sót khoảng 5.000 khẩu của tám bản thuộc tỉnh Tuyên Quang làm tăng thêm trên 1.000 tỉ đồng chi phí. Các đơn vị gồm ban quản lý dự án, Tập đoàn điện lực VN có trách nhiệm liên quan, cần kiểm điểm trách nhiệm các cá nhân, đơn vị liên quan.