Cơ quan điều tra xác định Công ty Ngọc Hưng làm thủ tục xuất khẩu lô hàng gỗ trắc tại Chi cục Hải quan cửa khẩu Cửa Việt (Quảng Trị). Tờ khai của công ty thể hiện số hàng hóa này được nhập từ Lào qua cửa khẩu Lao Bảo với số lượng trên 600m³. Tuy nhiên, khi hơn 600m³ gỗ này được đưa đến cảng Tiên Sa, Đà Nẵng để xuất khẩu ra nước ngoài, Công an quận Ngũ Hành Sơn kiểm tra, phát hiện một số mâu thuẫn trong hồ sơ.

Vụ việc được chuyển cho Cục Điều tra chống buôn lậu Tổng cục Hải quan làm rõ và đơn vị này đã kiểm tra 100% lô hàng, phát hiện kê khai không đúng thực tế nên khởi tố vụ án buôn lậu gỗ để điều tra làm rõ.

Sau đó, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an vào cuộc, giám định lô gỗ tang vật, xác định số lượng gỗ trên thực tế vượt tờ khai 79m³, trong đó có gần 24m³ gỗ giáng hương không khai báo; số gỗ trắc tận dụng gốc, cành ngọn không đúng giữa thực tế và hồ sơ giấy tờ là 170m³.