Trong vụ này, cơ quan điều tra cũng khởi tố bị can (cho tại ngoại): Huỳnh Quốc Ngọc (1978, ngụ P.4, Q.Tân Bình, TP.HCM), Nguyễn Chí Hiếu (1981, ngụ P.3, Q.Gò Vấp) và Nguyễn Quốc Thảo (1966, ngụ P.7, Q.Gò Vấp).

Theo tài liệu của cơ quan điều tra, từ 2003-2005 Huỳnh Quốc Ngọc cấu kết với các đối tượng đứng ra thành lập 26 công ty, doanh nghiệp trên địa bàn TP Cần Thơ, sau đó thuê tài xế xe ôm, nông dân, bán thuốc lá... làm giám đốc để mua bán hóa đơn, tạo điều kiện cho các công ty chiếm đoạt tiền hoàn thuế với tổng số tiền trên 61 tỉ đồng.