Được gọi là Hòn Mun vì phía Đông Nam của đảo có những mỏm đá nhô cao, vách dựng hiểm trở tạo thành hang động, đặc biệt đá ở đây đen tuyền như gỗ mun, rất hiếm thấy ở những nơi khác. Nơi đây còn nổi tiếng là một trong những “thủy cung” giàu và đẹp nhất của biển Đông Nam Á.

Tổng diện tích của toàn bộ khu bảo tồn Hòn Mun là 160 km2, trong đó 122 km2 là diện tích mặt biển, 38 km2 là tổng diện tích của các hòn đảo. Trong những hang động đá đen của Hòn Mun hàng năm có chim yến về làm tổ. Do địa thế của đảo rất gần với dòng hải lưu nóng từ phía xích đạo đưa tới nên thích hợp với điều kiện phát triển của san hô và nhiều loại sinh vật biển nhiệt đới cũng về đây quần tụ. Do đó, Hòn Mun có rạn san hô và hệ sinh vật biển đa dạng, đây là khu bảo tồn biển đầu tiên và duy nhất của Việt Nam hiện nay, đã được Quỹ Động vật hoang dã Thế giới (WWF) đánh giá là khu vực đa dạng sinh học biển bậc nhất ở Việt Nam. Dưới đáy biển, ở độ sâu 10m, là nơi tập hợp của những rạn san hô cùng với rất nhiều loại cá đủ màu sắc và chủng loại.

Theo thống kê, trên thế giới có khoảng 2.000 loài san hô và sinh vật biển thì ở Hòn Mun đã có tới 1.500, trong đó đã tìm thấy 340 trong tổng số hơn 800 loài san hô cứng trên thế giới. Với độ sâu dưới 18m, thì không còn cảnh đẹp của san hô, nhưng có rất nhiều hang động. Có những hang sâu 10 - 15m, phải dùng đèn để quan sát những sinh vật biển chuyên sống trong bóng tối như tôm, mực, tôm hùm, cá đuối…

Đến với Hòn Mun, du khách có thể lặn biển hoặc đi tàu đáy kính để ngắm nhìn các rạn san hô nhiều màu sắc với nhiều loài sinh vật biển tung tăng bơi lội. Không những thế, đây còn là nơi quan sát, nghiên cứu rất lý thú, bổ ích cho các nhà nghiên cứu sinh vật biển, hải dương học và du khách muốn tìm hiểu về biển.

Hòn Mun hiện nay còn có những dịch vụ tổ chức đám cươi dưới đáy biển, những đôi uyên ương thường đến đây để tổ chức cho mình một lễ cưới thật độc đáo và mới lạ. Hòa vào thiên nhiên, họ tổ chức ngày trọng đại nhất của đời mình cùng với khung cảnh lãng mạn, lung linh, huyền ảo dưới đáy đại dương. Đây cũng là một dịch vụ đang ngày càng thu hút được nhiều đôi bạn trẻ quan tâm và tìm hiểu. Mặc dù dịch vụ lặn biển đã được phát triển và mở rộng ở nhiều khu du lịch biển, thế nhưng Hòn Mun vẫn là điểm du lịch lặn biển đẹp nhất trong cả nước. Hòn Mun đã và đang để lại những ấn tượng tốt đẹp đối với du khách tham quan trong cũng như ngoài nước.