Đối tượng của việc kiểm tra này bao gồm các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính, các dữ liệu điện tử và các giấy tờ khác có liên quan đến lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Tuy nhiên phạm vi áp dụng chỉ tiến hành khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan.

Thông tư 96 nêu rõ: tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm qui định về kiểm tra sau thông quan thì ngoài việc bị truy thu thuế còn bị xử phạt vi phạm hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự.