Theo Kiểm toán Nhà nước, Công ty TNHH Xử lý chất thải rắn VN là công ty 100% vốn nước ngoài, phải có vốn đầu tư, sử dụng kinh phí ngân sách là không đúng. Kiểm toán Nhà nước đề nghị UBND TP.HCM xem xét, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến sai phạm này.

Kiểm toán Nhà nước cũng xác định trong việc sử dụng kinh phí sự nghiệp môi trường tại TP.HCM còn nhiều sai phạm khác. Cụ thể, TP.HCM chưa triển khai thu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản; thu phí nước thải công nghiệp thiếu kịp thời, nhiều đơn vị thuộc đối tượng thu nhưng chưa quản lý được; nhiều doanh nghiệp còn nợ phí...

Trong quản lý, sử dụng kinh phí, Chi cục Bảo vệ môi trường TP.HCM đánh giá, thẩm định, phê duyệt lựa chọn nhà thầu không đúng quy định. 3/4 gói thầu của Khu Quản lý giao thông số 1 thuộc Sở Giao thông vận tải TP.HCM có hồ sơ dự thầu không đáp ứng yêu cầu về năng lực tài chính cũng như máy móc thiết bị thi công nhưng vẫn được xét trúng thầu nạo vét rạch Ông Du, nạo vét cải tạo rạch Cầu Cụt và nạo vét rạch Sông Chùa 2.

Kiểm toán Nhà nước còn xác định địa phương đã không nộp ngân sách nhà nước tiền bồi thường sự cố tràn dầu ngày 11-12-2003 với số tiền gần 11 tỉ đồng mà đem gửi ngân hàng để hưởng lãi suất không kỳ hạn.

Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị UBND TP.HCM kiểm điểm về sai phạm trong việc quyết toán sai khối lượng quét dọn vệ sinh, chi phí vận chuyển rác do tính sai giờ làm đêm là 22 tỉ đồng.