Theo đó, trong thời gian chờ kết quả kiểm toán độc lập về quyết toán dự án này, BEDC được thu phí ngay sau khi hoàn thành xây dựng hệ thống trạm thu phí và tạm nộp vào ngân sách nhà nước. Khi hợp đồng quản lý, bảo trì và quyền thu phí tuyến đường này được ký kết có hiệu lực sẽ thu phí hoàn vốn cho BEDC theo điều khoản hợp đồng.

Bộ Giao thông vận tải cũng kiến nghị cho phép BEDC chỉ phải tiếp nhận quản lý, duy tu bảo dưỡng 39,8km đường cao tốc chính tuyến. Còn việc quản lý, duy tu bảo dưỡng 22km đường nối và khoảng 20km đường gom sẽ giao cho địa phương thực hiện.

Theo dự thảo của hợp đồng, để có quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương, BEDC phải thanh toán cho Nhà nước khoảng 9.156 tỉ đồng trong sáu đợt với thời gian 30 tháng kể từ khi tiếp nhận đường cao tốc. Thời hạn BEDC được thu phí là 25 năm.

Về mức thu phí, Bộ Giao thông vận tải kiến nghị Thủ tướng đồng ý với đề xuất của BEDC về mức thu phí trên đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương là 1.000 đồng/km tính theo phương tiện giao thông quy đổi. Được biết trên cơ sở mức thu phí này BEDC sẽ có mức phí cụ thể cho từng loại xe trên thực tế.