Trong báo cáo thẩm tra về dự án luật này, Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học, công nghệ và môi trường của Quốc hội Phan Xuân Dũng đề nghị bổ sung quy định đối với phương tiện giao thông đường thủy nội địa kinh doanh vận chuyển hành khách vì các phương tiện này phải có yêu cầu cao hơn, khác biệt hơn…

Theo Bộ Giao thông vận tải, thực tế hiện nay cả nước có hơn 80.577km sông, kênh, rạch, trong đó gần 42.000km có hoạt động giao thông vận tải. Tuy nhiên, cơ quan quản lý nhà nước mới tổ chức, quản lý được hơn 19.000km (chiếm tỉ lệ 45% số kilômet có hoạt động giao thông đường thủy) do khó khăn về kinh phí, đặc biệt đối với các địa phương. Trong khi đó, trên các sông, kênh chưa được tổ chức quản lý, hoạt động giao thông đường thủy nội địa của nhân dân vẫn diễn ra.

Vì vậy, khi có tai nạn liên quan đến phương tiện thủy nội địa xảy ra ngoài phạm vi luồng (đối với các sông, kênh, rạch được tổ chức quản lý) và trên các sông, kênh, rạch chưa được tổ chức quản lý thì các cơ quan quản lý nhà nước gặp khó khăn trong việc xử lý, giải quyết vụ việc do khu vực này không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật giao thông đường thủy nội địa năm 2004.