Theo Sở Quy hoạch - kiến trúc Hà Nội, tuyến đường Nhật Tân - sân bay Nội Bài có chiều dài đi qua địa bàn xã Nguyên Khê khoảng 2,9km. Hiện nay, việc giải phóng mặt bằng đã cơ bản thực hiện xong và đang tổ chức thi công cầu vượt qua đường sắt Hà Nội - Lào Cai. Mặc dù trên tuyến đường này có tới ba cầu vượt nhưng theo Sở Quy hoạch - kiến trúc Hà Nội, phương án tổ chức giao thông cho người đi bộ và việc duy trì hoạt động sản xuất, sinh hoạt của người dân ở xã Nguyên Khê chưa được nghiên cứu.

Theo UBND xã Nguyên Khê, với phương án cầu vượt, khi tuyến đường Nhật Tân - sân bay Nội Bài được đưa vào sử dụng sẽ chia cắt các khu dân cư làng xóm trong xã với nhau và với các khu đất sản xuất nông nghiệp. Đồng thời sẽ chia cắt thôn Sơn Du ở phía tây tuyến đường với thôn Khê Nữ và các thôn khác của xã Nguyên Khê ở phía đông tuyến đường. Theo UBND huyện Đông Anh, với phương án xây dựng đường Nhật Tân - sân bay Nội Bài thiếu hầm chui như hiện nay, việc đi lại giữa các thôn trong xã Nguyên Khê tới cánh đồng 40ha tại xã sẽ phải đi vòng xa thêm 2-5km...

Theo ông Ngô Quý Tuấn - phó giám đốc Sở Quy hoạch - kiến trúc Hà Nội, sở đã đề nghị bổ sung hầm chui dân sinh cao khoảng 2,5m nối hai bên đường gom tại vị trí tuyến đường liên xã Nguyên Khê hiện nay. Ngoài ra, sở cũng đề nghị UBND TP Hà Nội kiến nghị Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo đơn vị tư vấn rà soát toàn tuyến dự án, bao gồm cả các đoạn trên địa bàn huyện Sóc Sơn, để hạn chế các vấn đề phức tạp phát sinh trong quá trình triển khai dự án.