Để hoàn thành tốt mục tiêu đề ra, từ năm 2015, Cần Thơ quy hoạch vùng nuôi thành hai khu vực, gồm khu vực chuyên nuôi và khu vực nuôi kết hợp hoặc luân canh tôm - lúa hoặc lúa - cá.

Khu vực 1 bao gồm quận Thốt Nốt, một phần huyện Vĩnh Thạnh và các cồn trên sông Hậu sẽ chuyên nuôi tôm càng xanh, cá tra, ba sa, cá đồng, cá lồng bè trên diện tích 16.000 ha.

Khu vực 2 bao gồm phần còn lại của huyện Vĩnh Thạnh, huyện Cờ Đỏ, Phong Điền và một số quận sẽ chuyển sang nuôi cá da trơn, cá đồng trên diện tích 10.000 ha.

Về sản lượng, dự kiến đến cuối năm 2015, sản lượng thủy sản của thành phố sẽ đạt trên 200.000 tấn và đến năm 2020 đạt 380.000 tấn.

Để đáp ứng nhu cầu giống, Cần Thơ đang xây dựng trung tâm giống thuỷ sản cấp I tại xã Thạnh Mỹ, huyện Vĩnh Thạnh, có khả năng cung cấp 2 tỷ con giống cá tra, ba sa, rô đồng, bống tượng, rô phi, sặc rằn, trê lai, tôm càng xanh cùng hàng chục trại giống khác, có năng lực cung ứng 1,8 tỷ con giống mỗi năm cho người nuôi tại địa phương và vùng đồng bằng sông Cửu Long.

Để thực hiện mục tiêu này, Cần Thơ chú trọng thực hiện 3 giải pháp, gồm khoa học công nghệ, khuyến ngư và hợp tác quốc tế.

Trong đó, đẩy mạnh công tác chuyển giao công nghệ tiên tiến trong thâm canh nuôi thủy sản, sản xuất giống sạch, thực hành công nghệ nuôi sạch theo quy định của Bộ NN&PTNT như VietGAP, GlobalGAP; áp dụng các kỹ thuật tiên tiến trong chế biến, bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm và thương hiệu mặt hàng thủy sản; chuyển giao các công nghệ tiên tiến trong xử lý chất thải trong nuôi trồng.

Từ nay đến năm 2016, Cần Thơ xây dựng thêm một số nhà máy chế biến, tổng công suất 122.000 tấn/năm và nâng tổng công suất chế biến của toàn tỉnh đến năm 2020 lên gần 200.000 tấn/năm.

Sản lượng chế biến xuất khẩu đến cuối năm 2015 đạt 120.000 tấn, năm 2020 đạt 200.000 tấn. Các sản phẩm xuất khẩu chủ yếu là tôm đông và cá đông các loại.

Ngay trong năm 2015, Cần Thơ sẽ thực hiện 3 trong 12 dự án nêu trên nhằm góp phần nâng sản lượng thủy sản nuôi là 205.000 tấn, tăng 6,7% so năm 2014, xuất khẩu thuỷ sản đạt giá trị 485 triệu USD, tăng 27%. Thị trường tiêu thụ chủ yếu là châu Á, châu Âu, châu Mỹ, vùng Trung Đông.