Sau năm tháng nghiên cứu, khảo sát các doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp nước ngoài, báo cáo khẳng định nhiều khoản chi phí, đóng góp của ngành dầu khí VN thấp hơn mức chung của thế giới hoặc chưa thật rõ ràng. Cụ thể, theo báo cáo nghiên cứu, khi khai thác dầu khí phải đóng phí bảo vệ môi trường (khoảng 100.000 đồng/thùng), tuy nhiên nhiều dự án dầu khí tại VN đã không phải nộp phí này. Báo cáo nêu rõ: trên lý thuyết, phí bảo vệ môi trường đối với hoạt động khai thác dầu khí trong năm 2009 ước lên tới 1.600 tỉ đồng (khoảng 80 triệu USD). Tuy nhiên, các số liệu thống kê về nguồn thu cũng như việc sử dụng khoản thu này không được thể hiện trong các thống kê ngân sách nhà nước.

Theo Luật dầu khí, Tập đoàn Dầu khí VN phải thu phí về mua, sử dụng thông tin về dầu khí từ các doanh nghiệp thăm dò, khai thác dầu khí. Nhiều hợp đồng phải trả tới 200.000 USD/lô nhưng thực tế hiện nay, báo cáo của VCCI và CODE cho biết nhiều doanh nghiệp không phải trả phí trên. Sự kém minh bạch ở chỗ không có quy định nêu rõ trường hợp nào phải trả phí, trường hợp nào không.

Ngoài ra, hiện trong lĩnh vực dầu khí ở VN vẫn áp dụng ba loại phí hoa hồng (thu từ 5-10 triệu USD/loại phí) nhưng báo cáo khẳng định mức phí này ở VN thu vẫn rẻ hơn mức thế giới.